Questa è l'app Linux denominata ArtificialFastqGenerator la cui ultima versione può essere scaricata come ArtificialFastqGenerator_19_05_2015.zip. Può essere eseguito online nel provider di hosting gratuito OnWorks per workstation.
Scarica ed esegui online questa app chiamata ArtificialFastqGenerator con OnWorks gratuitamente.
Segui queste istruzioni per eseguire questa app:
- 1. Scaricata questa applicazione sul tuo PC.
- 2. Entra nel nostro file manager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con il nome utente che desideri.
- 3. Carica questa applicazione in tale file manager.
- 4. Avviare l'emulatore online OnWorks Linux o Windows online o l'emulatore online MACOS da questo sito Web.
- 5. Dal sistema operativo OnWorks Linux che hai appena avviato, vai al nostro file manager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con il nome utente che desideri.
- 6. Scarica l'applicazione, installala ed eseguila.
Generatore artificiale Fastq
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DESCRIZIONE
ArtificialFastqGenerator prende il genoma di riferimento (in formato FASTA) come input ed emette file FASTQ artificiali nel formato Sanger. Può accettare punteggi di qualità di base Phred da file FASTQ esistenti e utilizzarli per simulare errori di sequenziamento. Poiché i FASTQ artificiali sono derivati dal genoma di riferimento, il genoma di riferimento fornisce un gold-standard per chiamare le varianti (polimorfismi a singolo nucleotide (SNP) e inserzioni e delezioni (indel)). Ciò consente la valutazione di una pipeline di analisi di Next Generation Sequencing (NGS) che allinea le letture al genoma di riferimento e quindi chiama le varianti.Pubblico
Settore sanitario, scienza/ricerca, utenti finali avanzati
Linguaggio di programmazione
Java
Questa è un'applicazione che può essere scaricata anche da https://sourceforge.net/projects/artfastqgen/. È stato ospitato in OnWorks per essere eseguito online nel modo più semplice da uno dei nostri sistemi operativi gratuiti.