Questa è l'app Linux denominata BamBam la cui ultima versione può essere scaricata come bambam-1.4.tgz. Può essere eseguito online nel provider di hosting gratuito OnWorks per workstation.
Scarica ed esegui online gratuitamente questa app chiamata BamBam con OnWorks.
Segui queste istruzioni per eseguire questa app:
- 1. Scaricata questa applicazione sul tuo PC.
- 2. Entra nel nostro file manager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con il nome utente che desideri.
- 3. Carica questa applicazione in tale file manager.
- 4. Avviare l'emulatore online OnWorks Linux o Windows online o l'emulatore online MACOS da questo sito Web.
- 5. Dal sistema operativo OnWorks Linux che hai appena avviato, vai al nostro file manager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con il nome utente che desideri.
- 6. Scarica l'applicazione, installala ed eseguila.
Bam Bam
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DESCRIZIONE
BamBam include numerosi strumenti per l'analisi dei dati di sequenziamento del DNA di nuova generazione. Vengono forniti strumenti per chiamare SNP e indel, identificare le delezioni su larga scala, tabulare i conteggi delle letture mappate, l'analisi della metilazione e altro ancora.
Dipende da SAMtools (http://samtools.sourceforge.net/) e BAMtools (https://github.com/pezmaster31/bamtools). Utilizza anche BioPerl, che è incluso nel tarball di download.
Caratteristiche
- chiamare SNP e indels
- imputare genotipi
- costruire sequenze di consenso
- tabulare i conteggi delle letture mappate (RNA-seq)
- dedurre la fase dell'aplotipo con il clustering di mezzi K
- analizzare la metilazione del DNA (sequenziamento del bisolfito)
Pubblico
Scienza / Ricerca
Linguaggio di programmazione
Perl, C++
Categorie
Questa è un'applicazione che può anche essere scaricata da https://sourceforge.net/projects/bambam/. È stato ospitato in OnWorks per essere eseguito online nel modo più semplice da uno dei nostri sistemi operativi gratuiti.