Questa è l'app Linux denominata ChIP-RNA-seqPRO, eseguibile online su Linux, la cui ultima versione può essere scaricata come cloudclientID.zip. Può essere eseguita online sul provider di hosting gratuito OnWorks per workstation.
Scarica ed esegui online questa app denominata ChIP-RNA-seqPRO per eseguirla gratuitamente su Linux online con OnWorks.
Segui queste istruzioni per eseguire questa app:
- 1. Scaricata questa applicazione sul tuo PC.
- 2. Entra nel nostro file manager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con il nome utente che desideri.
- 3. Carica questa applicazione in tale file manager.
- 4. Avviare l'emulatore online OnWorks Linux o Windows online o l'emulatore online MACOS da questo sito Web.
- 5. Dal sistema operativo OnWorks Linux che hai appena avviato, vai al nostro file manager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con il nome utente che desideri.
- 6. Scarica l'applicazione, installala ed eseguila.
IMMAGINI
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ChIP-RNA-seqPRO verrà eseguito online su Linux
DESCRIZIONE
ChIP-RNA-seqPRO: una strategia per identificare regioni di deregolazione epigenetica associate a splicing aberrante del trascritto e siti di modifica dell'RNA. Script Python eseguibili impacchettati insieme a librerie di annotazioni personalizzate, input di dati demo e guida README.9/26: v1.1 Aggiornato MAIN_IV per eseguire il debug dell'errore generato dai panda python che non supportano più il "sottoinsieme".
Questo codice non verrà più mantenuto/aggiornato attivamente qui. È ora disponibile una risorsa basata su cloud per l'analisi comparativa di set di dati epigenetici, di variazione di sequenza e di espressione. Si prega di visitare il Cloudomics, progetto per le risorse basate su cloud: https://sourceforge.net/projects/cloudomics-for-aws/
Caratteristiche
- Strumento per l'analisi comparativa di un'ampia varietà di set di dati di campioni accoppiati epigenomici (ChIPseq, MBDseq, ecc.) e di sequenziamento basato su RNA
- Se utilizzi questo strumento o una delle librerie di annotazioni, includi il seguente riferimento: Champion M., Hlady R., Yan H., Evans J., Nie J., Lee J., Bogenberger J., Nandakumar K., Davila J., Moore R., Nair A., O'Brien D., Zhu Y., Kortüm K., Ordog T., Zhang Z., Joseph R., Kocher J., Jonasch E., Robertson K., Tibes R. e H. Ho T. (2015). Strategie bioinformatiche per identificare regioni di deregolamentazione epigenetica associate a splicing aberrante del trascritto e modifica dell'RNA. In Atti della Conferenza Internazionale sui Modelli, Metodi e Algoritmi Bioinformatici, pagg. 163-170. DOI: 10.5220/0005248001630170
Pubblico
Scienza / Ricerca
Linguaggio di programmazione
Shell Unix, Python
Questa è un'applicazione che può anche essere scaricata da https://sourceforge.net/projects/chiprnaseqpro/. È stato ospitato in OnWorks per essere eseguito online nel modo più semplice da uno dei nostri sistemi operativi gratuiti.
