Questa è l'app Linux denominata CStone la cui ultima versione può essere scaricata come cstone.zip. Può essere eseguito online nel provider di hosting gratuito OnWorks per workstation.
Scarica ed esegui online questa app chiamata CStone con OnWorks gratuitamente.
Segui queste istruzioni per eseguire questa app:
- 1. Scaricata questa applicazione sul tuo PC.
- 2. Entra nel nostro file manager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con il nome utente che desideri.
- 3. Carica questa applicazione in tale file manager.
- 4. Avviare l'emulatore online OnWorks Linux o Windows online o l'emulatore online MACOS da questo sito Web.
- 5. Dal sistema operativo OnWorks Linux che hai appena avviato, vai al nostro file manager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con il nome utente che desideri.
- 6. Scarica l'applicazione, installala ed eseguila.
IMMAGINI
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Cstone
DESCRIZIONE
CStone è un assemblatore de novo per dati RNA-Seq che utilizza grafici simili a de Bruijn e annota ogni contig prodotto con uno dei tre livelli di classificazione del grafico che indica se può essere garantito o meno che sia non chimerico. I livelli di classificazione dipendono dalla complessità della famiglia di geni da cui derivano le letture. Come sottoprodotto, questo fornisce anche informazioni sulla composizione strutturale delle famiglie di geni sottostanti che sono state sequenziate. Ulteriori dettagli saranno disponibili a breve all'interno del nostro documento: https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/34813594/.
Caratteristiche
- Assemblaggio de novo di dati RNA-Seq.
- Identificazione di contig non chimerici.
- Compatibilità multipiattaforma.
- Jar eseguibile disponibile.
- Nessun pacchetto esterno richiesto.
- Codice facile da seguire e integrato in altri strumenti.
- Informazioni sulla complessità delle famiglie geniche sottostanti.
- de Bruijn come approccio (più indulgente).
Questa è un'applicazione che può anche essere scaricata da https://sourceforge.net/projects/cstone/. È stato ospitato in OnWorks per essere eseguito online in modo più semplice da uno dei nostri sistemi operativi gratuiti.
