Questa è l'app Linux denominata EXCAVATOR-tool per l'esecuzione in Linux online la cui ultima versione può essere scaricata come EXCAVATOR_Package_v2.2.tgz. Può essere eseguito online nel provider di hosting gratuito OnWorks per workstation.
Scarica ed esegui online questa app denominata EXCAVATOR-tool per l'esecuzione in Linux online con OnWorks gratuitamente.
Segui queste istruzioni per eseguire questa app:
- 1. Scaricata questa applicazione sul tuo PC.
- 2. Entra nel nostro file manager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con il nome utente che desideri.
- 3. Carica questa applicazione in tale file manager.
- 4. Avviare l'emulatore online OnWorks Linux o Windows online o l'emulatore online MACOS da questo sito Web.
- 5. Dal sistema operativo OnWorks Linux che hai appena avviato, vai al nostro file manager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con il nome utente che desideri.
- 6. Scarica l'applicazione, installala ed eseguila.
IMMAGINI
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EXCAVATOR-strumento per l'esecuzione in Linux online
DESCRIZIONE
ATTENZIONE!!!!!ATTENZIONE!!!!!ATTENZIONE!!!!!ATTENZIONE!!!!!Abbiamo recentemente pubblicato su BMC Genomics un nuovo pacchetto software, chiamato XCAVATOR, per l'identificazione di CNV/CNA da esperimenti di sequenziamento dell'intero genoma a lettura breve e lunga (https://bmcgenomics.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12864-017-4137-0).
XCAVATOR è disponibile gratuitamente su http://sourceforge.net/projects/xcavator/.
EXCAVATOR è un nuovo pacchetto software per il rilevamento di varianti del numero di copie (CNV) dai dati di sequenziamento dell'intero esoma.
EXCAVATOR è stato pubblicato su Genome Biology (http://genomebiology.com/2013/14/10/R120/abstract).
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ATTENZIONE!!!!! Per utilizzare correttamente lo strumento EXCAVATOR, gli utenti devono scaricare i file di mappabilità univoco al seguente link:
http://grimmond.imb.uq.edu.au/uniqueome/downloads/hg19_uniqueome.coverage.base-space.25.1.Wig.gz (per hg19)
http://grimmond.imb.uq.edu.au/uniqueome/downloads/hg18_uniqueome.coverage.base-space.25.1.Wig.gz
Caratteristiche
- Sequenziamento di nuova generazione
- Varianti del numero di copia
- Sequenziamento dell'intero esoma
Linguaggio di programmazione
Perl
Questa è un'applicazione che può essere scaricata anche da https://sourceforge.net/projects/excavatortool/. È stato ospitato in OnWorks per essere eseguito online in modo più semplice da uno dei nostri sistemi operativi gratuiti.