Questa è l'app Linux denominata ForceGen la cui ultima versione può essere scaricata come ForceGenV0.4.jar. Può essere eseguito online nel provider di hosting gratuito OnWorks per workstation.
Scarica ed esegui online questa app denominata ForceGen con OnWorks gratuitamente.
Segui queste istruzioni per eseguire questa app:
- 1. Scaricata questa applicazione sul tuo PC.
- 2. Entra nel nostro file manager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con il nome utente che desideri.
- 3. Carica questa applicazione in tale file manager.
- 4. Avviare l'emulatore online OnWorks Linux o Windows online o l'emulatore online MACOS da questo sito Web.
- 5. Dal sistema operativo OnWorks Linux che hai appena avviato, vai al nostro file manager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con il nome utente che desideri.
- 6. Scarica l'applicazione, installala ed eseguila.
IMMAGINI
Ad
Forza Gen
DESCRIZIONE
Si prega di citare:ForceGen: derivazione della costante del legame covalente atomico per Gromacs. Nash A, Collier T, Birch HL, de Leeuw NH. Journal of Molecular Modeling (2018), (24)5. DOI: 10.1007/s00894-017-3530-6
Video di istruzioni:
https://youtu.be/fQVXv8Ge_tg
Questo jar eseguibile Java deriva le costanti della forza di legame del secondo ordine per l'allungamento del legame e l'angolo di legame dai calcoli gaussiani della meccanica quantistica. I calcoli sono compatibili con la famiglia dei campi di forza dell'Ambra o con qualsiasi campo di forza derivato dal tensore del secondo ordine dell'Assia da frammenti molecolari. L'output è stato reso compatibile con il formato della topologia Gromacs.
Esempi di utilizzo includono la derivazione delle costanti della forza di legame e dei valori di equilibrio per:
-metalli legati in siti attivi proteici
-aminoacidi modificati
-piccole molecole/molecole di farmaci
È possibile trovare uno zip di file di esempio seguendo il collegamento "Sfoglia tutti i file".
Scritto dal dottor Anthony Nash (Oxford)
Supportato dal dott. Thomas Collier, dalla prof.ssa Helen Birch e
Caratteristiche
- Derivazione costante della forza di allungamento del legame
- Derivazione della costante della forza dell'angolo di legame
- Compatibilità con la topologia Gromacs
Questa è un'applicazione che può anche essere scaricata da https://sourceforge.net/projects/forcegen/. È stato ospitato in OnWorks per essere eseguito online nel modo più semplice da uno dei nostri sistemi operativi gratuiti.
