Questa è l'app Linux denominata FusionCatcher la cui ultima versione può essere scaricata come fusioncatcher_v1.33.zip. Può essere eseguito online nel provider di hosting gratuito OnWorks per workstation.
Scarica ed esegui online questa app chiamata FusionCatcher con OnWorks gratuitamente.
Segui queste istruzioni per eseguire questa app:
- 1. Scaricata questa applicazione sul tuo PC.
- 2. Entra nel nostro file manager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con il nome utente che desideri.
- 3. Carica questa applicazione in tale file manager.
- 4. Avviare l'emulatore online OnWorks Linux o Windows online o l'emulatore online MACOS da questo sito Web.
- 5. Dal sistema operativo OnWorks Linux che hai appena avviato, vai al nostro file manager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con il nome utente che desideri.
- 6. Scarica l'applicazione, installala ed eseguila.
Fusion Catcher
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DESCRIZIONE
FusionCatcher ricerca geni di fusione somatica nuovi/conosciuti, traslocazioni e chimere nei dati RNA-seq (letture paired-end da piattaforme NGS Illumina come Solexa e HiSeq) da campioni malati.
Gli obiettivi di FusionCatcher sono:
- tasso di rilevamento molto buono per la ricerca di geni di fusione candidati,
- molto facile da usare (cioè non è necessaria alcuna conoscenza a priori di database e bioinformatica per eseguire FusionCatcher),
- rilevamento molto buono di geni di fusione difficili, come ad esempio fusioni IGH, fusioni CIC, fusioni DUX4, fusioni CRLF2, fusioni TCF3, ecc.
- essere il più automatico possibile (cioè il FusionCatcher sceglierà automaticamente i parametri migliori per trovare i geni di fusione candidati, ad esempio trovando automaticamente gli adattatori, costruendo automaticamente le giunzioni esone-esone in base alla lunghezza delle letture in ingresso, ecc.) fornendo il miglior tasso di rilevamento possibile per trovare geni di fusione.
Pubblico
Scienza / Ricerca
Linguaggio di programmazione
Python
Categorie
Questa è un'applicazione che può anche essere scaricata da https://sourceforge.net/projects/fusioncatcher/. È stato ospitato in OnWorks per essere eseguito online in modo più semplice da uno dei nostri sistemi operativi gratuiti.
