Questa è l'app Linux denominata Grinder da eseguire in Linux online la cui ultima versione può essere scaricata come Grinder-0.5.4.tar.gz. Può essere eseguito online nel provider di hosting gratuito OnWorks per workstation.
Scarica ed esegui online questa app denominata Grinder per eseguirla gratuitamente su Linux online con OnWorks.
Segui queste istruzioni per eseguire questa app:
- 1. Scaricata questa applicazione sul tuo PC.
- 2. Entra nel nostro file manager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con il nome utente che desideri.
- 3. Carica questa applicazione in tale file manager.
- 4. Avviare l'emulatore online OnWorks Linux o Windows online o l'emulatore online MACOS da questo sito Web.
- 5. Dal sistema operativo OnWorks Linux che hai appena avviato, vai al nostro file manager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con il nome utente che desideri.
- 6. Scarica l'applicazione, installala ed eseguila.
Grinder per funzionare su Linux online
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DESCRIZIONE
Grinder è un versatile strumento bioinformatico open source per creare librerie di sequenze di sequenze di amplificatori e fucili omici simulati per tutte le principali piattaforme di sequenziamento.Caratteristiche
- shotgun o amplicone (es. 16S rRNA) leggono librerie
- supporto omics per generare dataset genomici, trascrittomici, proteomici, metagenomici, metatrascrittomici o metaproteomici
- distribuzione arbitraria della lunghezza di lettura e numero di letture
- simulazione di errori di PCR e di sequenziamento (chimere, mutazioni puntiformi, omopolimeri)
- supporto per set di dati paired-end (coppia di accoppiamento)
- impostazioni di abbondanza di rango specifiche o abbondanza data manualmente per ogni genoma, gene o proteina
- creazione di dataset con una data ricchezza (diversità alfa)
- i set di dati correlati possono condividere un numero variabile di genomi (diversità beta)
- modellazione del bias creato dalla variazione della lunghezza del genoma o del numero di copie del gene
- meccanismo di profilo per memorizzare le opzioni preferite
- disponibile per biologi o utenti esperti attraverso più interfacce: GUI, CLI e API
Pubblico
Scienza / Ricerca
Interfaccia utente
Console/Terminale
Linguaggio di programmazione
Perl
Questa è un'applicazione che può anche essere scaricata da https://sourceforge.net/projects/biogrinder/. È stato ospitato in OnWorks per essere eseguito online in modo più semplice da uno dei nostri sistemi operativi gratuiti.
