Questa è l'app Linux denominata JSiteDescriptor, la cui ultima versione può essere scaricata come binaries.zip. Può essere eseguita online sul provider di hosting gratuito OnWorks per workstation.
Scarica ed esegui online gratuitamente questa app chiamata JSiteDescriptor con OnWorks.
Segui queste istruzioni per eseguire questa app:
- 1. Scaricata questa applicazione sul tuo PC.
- 2. Entra nel nostro file manager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con il nome utente che desideri.
- 3. Carica questa applicazione in tale file manager.
- 4. Avviare l'emulatore online OnWorks Linux o Windows online o l'emulatore online MACOS da questo sito Web.
- 5. Dal sistema operativo OnWorks Linux che hai appena avviato, vai al nostro file manager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con il nome utente che desideri.
- 6. Scarica l'applicazione, installala ed eseguila.
JSiteDescriptor
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DESCRIZIONE
Un insieme di programmi Java che estraggono informazioni sulle coordinate e sulle sostanze chimiche dai file PDB.
Le regioni del sito di legame vengono estratte utilizzando uno schema basato sulla griglia.
Per il sito di legame, il descrittore spazio-chimico viene generato in base all'algoritmo PocketMatch del Dott. Kalidas (autore anche di questo progetto).
Caratteristiche
- Generazione di un descrittore vettoriale basato su PocketMatch per un sito di legame
- Esecuzione in modalità file PDB singolo o in modalità batch
- Specifica del sito come vicinato del ligando - (codice del ligando, nome e ID della catena)
- Specifica del sito come vicinato del sottoinsieme PDB utilizzando ESPRESSIONI REGOLARI
- Specificazione di più intervalli di atomi che rivestono un sito di legame
- Il file di elaborazione in modalità batch cattura i parametri di input tramite file XML + conforme alle specifiche XSD
- Maggiore configurabilità: selezione del gruppo di residui, raggio e categorie per i siti
- Tecnologia Java Swing per GUI
- Architettura software semplice ed estensibile per sviluppi futuri
Pubblico
Scienza / Ricerca
Interfaccia utente
Altalena Java
Linguaggio di programmazione
Java
Categorie
Questa applicazione può essere scaricata anche da https://sourceforge.net/projects/jsitedescriptor/. È ospitata su OnWorks per poter essere eseguita online nel modo più semplice da uno dei nostri sistemi operativi gratuiti.
