Questa è l'app Linux denominata kSNP per l'esecuzione in Linux online la cui ultima versione può essere scaricata come kSNP3.1_Linux_package.zip. Può essere eseguito online nel provider di hosting gratuito OnWorks per workstation.
Scarica ed esegui online questa app denominata kSNP per l'esecuzione in Linux online con OnWorks gratuitamente.
Segui queste istruzioni per eseguire questa app:
- 1. Scaricata questa applicazione sul tuo PC.
- 2. Entra nel nostro file manager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con il nome utente che desideri.
- 3. Carica questa applicazione in tale file manager.
- 4. Avviare l'emulatore online OnWorks Linux o Windows online o l'emulatore online MACOS da questo sito Web.
- 5. Dal sistema operativo OnWorks Linux che hai appena avviato, vai al nostro file manager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con il nome utente che desideri.
- 6. Scarica l'applicazione, installala ed eseguila.
kSNP per l'esecuzione in Linux online
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DESCRIZIONE
kSNP identifica gli SNP pan-genomici in una serie di sequenze genomiche e stima gli alberi filogenetici in base a tali SNP. La scoperta di SNP si basa sull'analisi k-mer e non richiede l'allineamento di sequenze multiple o la selezione di un genoma di riferimento, quindi kSNP può prendere come input centinaia di genomi microbici. Un locus SNP è definito da un oligo di lunghezza k che circonda un allele SNP centrale. kSNP può analizzare sia genomi completi (finiti) che genomi non finiti in contigs assemblati o read grezzi non assemblati. I genomi finiti e non finiti possono essere analizzati insieme e kSNP può scaricare automaticamente i file Genbank dei genomi finiti e incorporare le informazioni in quei file nell'annotazione SNP.Gardner, SN e Hall, BG 2013. Quando gli allineamenti dell'intero genoma non funzionano: il software kSNP v2 per la scoperta di SNP senza allineamento e la filogenetica di centinaia di genomi microbici. PLoS UNO, 8(12):e81760.doi:10.1371/journal.pone.0081760
Questa è un'applicazione che può anche essere scaricata da https://sourceforge.net/projects/ksnp/. È stato ospitato in OnWorks per essere eseguito online nel modo più semplice da uno dei nostri sistemi operativi gratuiti.
