Questa è l'app Linux denominata MendelChecker la cui ultima versione può essere scaricata come MendelChecker_v2.tar.gz. Può essere eseguito online nel provider di hosting gratuito OnWorks per workstation.
Scarica ed esegui online gratuitamente questa app denominata MendelChecker con OnWorks.
Segui queste istruzioni per eseguire questa app:
- 1. Scaricata questa applicazione sul tuo PC.
- 2. Entra nel nostro file manager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con il nome utente che desideri.
- 3. Carica questa applicazione in tale file manager.
- 4. Avviare l'emulatore online OnWorks Linux o Windows online o l'emulatore online MACOS da questo sito Web.
- 5. Dal sistema operativo OnWorks Linux che hai appena avviato, vai al nostro file manager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con il nome utente che desideri.
- 6. Scarica l'applicazione, installala ed eseguila.
Mendel Checker
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DESCRIZIONE
MendelChecker è una misura basata sulla probabilità della segregazione mendeliana dei polimorfismi a singolo nucleotide (SNP) nei pedigree nucleari. Abbiamo sviluppato questo metodo come misura di controllo della qualità per la scoperta di nuove varianti dai rumorosi dati di sequenziamento di nuova generazione nei pedigree, come il sequenziamento del DNA associato al sito di restrizione (RAD-seq) in organismi non modello. Questo metodo implementa il confronto tra trasmissione eterogametica e omogametica, cioè segregazione legata al sesso e segregazione autosomica.
Caratteristiche
- Misurare la probabilità di trasmissione mendeliana nei pedigree
- Assegnazione autosoma vs. cromosoma sessuale
- Legge l'output GATK standard
Categorie
Questa è un'applicazione che può anche essere scaricata da https://sourceforge.net/projects/mendelchecker/. È stato ospitato in OnWorks per essere eseguito online nel modo più semplice da uno dei nostri sistemi operativi gratuiti.