Questa è l'app Linux denominata MetaPhat -meta-pheno-association-tracker la cui ultima versione può essere scaricata come meta_phat.tar.gz. Può essere eseguito online nel provider di hosting gratuito OnWorks per workstation.
Scarica ed esegui online questa app denominata MetaPhat -meta-pheno-association-tracker con OnWorks gratuitamente.
Segui queste istruzioni per eseguire questa app:
- 1. Scaricata questa applicazione sul tuo PC.
- 2. Entra nel nostro file manager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con il nome utente che desideri.
- 3. Carica questa applicazione in tale file manager.
- 4. Avviare l'emulatore online OnWorks Linux o Windows online o l'emulatore online MACOS da questo sito Web.
- 5. Dal sistema operativo OnWorks Linux che hai appena avviato, vai al nostro file manager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con il nome utente che desideri.
- 6. Scarica l'applicazione, installala ed eseguila.
IMMAGINI
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MetaPhat -meta-feno-associazione-tracker
DESCRIZIONE
MetaPhat è uno strumento attivo e open source (licenza MIT) per rilevare varianti con associazioni multivariate utilizzando statistiche di riepilogo da studi GWAS univariati. L'applicazione esegue anche la decomposizione trovando sottoinsiemi BIC ottimali e tratti driver del valore P per le varianti di derivazione multivariata. I risultati delle varianti vengono tracciati e raggruppati per assistere nella dissezione delle relazioni fenotipi-genotipi.Si prega di consultare la nostra home wiki per le istruzioni di installazione, i formati di dati GWAS richiesti e gli input di esempio con il comando di test - https://sourceforge.net/p/meta-pheno-association-tracer/wiki/Home/
Esempio di dati/fonte sui lipidi globali (GLGC, Willer 2013) - https://sourceforge.net/projects/meta-pheno-association-tracer/files/Dist/meta_phat.tar.gz/download
Se riscontri problemi o hai richieste di funzionalità dopo aver provato l'esempio e aver letto il tutorial, invia un'e-mail a: [email protected]
Diritto d'autore <2019> [email protected], [email protected]
Caratteristiche
- analisi multivariata dei caratteri dell'intero genoma
- Selezione del sottoinsieme dei tratti ottimali basata su valore p e BIC
- grafici di traccia di decomposizione dei tratti
- file di riepilogo delle caratteristiche del conduttore SNP e del conducente
- snp-snp tratto rango ammasso di lancieri
Questa è un'applicazione che può anche essere scaricata da https://sourceforge.net/projects/meta-pheno-association-tracer/. È stato ospitato in OnWorks per essere eseguito online in modo più semplice da uno dei nostri sistemi operativi gratuiti.
