Questa è l'app Linux denominata MoPAC la cui ultima versione può essere scaricata come MoPAC_0.3.1.tar.gz. Può essere eseguito online nel provider di hosting gratuito OnWorks per workstation.
Scarica ed esegui online gratuitamente questa app denominata MoPAC con OnWorks.
Segui queste istruzioni per eseguire questa app:
- 1. Scaricata questa applicazione sul tuo PC.
- 2. Entra nel nostro file manager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con il nome utente che desideri.
- 3. Carica questa applicazione in tale file manager.
- 4. Avviare l'emulatore online OnWorks Linux o Windows online o l'emulatore online MACOS da questo sito Web.
- 5. Dal sistema operativo OnWorks Linux che hai appena avviato, vai al nostro file manager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con il nome utente che desideri.
- 6. Scarica l'applicazione, installala ed eseguila.
IMMAGINI
Ad
MoPAC
DESCRIZIONE
Per facilitare il confronto dell'essenzialità genica in due o più campioni cellulari, proponiamo MoPAC (Modular Pipeline for Analysis of CRISPR screens), uno strumento interattivo basato su Shiny per l'analisi dell'essenzialità differenziale negli schermi CRISPR/Cas9.
Per le istruzioni di installazione e utilizzo fare riferimento alla pagina wiki.
Caratteristiche
- Misurazione imparziale dell'essenzialità del gene differenziale negli schermi CRISPR.
- Facilità d'uso attraverso un'interfase grafica interattiva dell'utente.
- Dati pronti per la pubblicazione generati in ogni fase dell'analisi.
- Sia i file FASTQ che le tabelle di conteggio delle letture (prima o dopo la normalizzazione) sono consentiti come input.
- Controllo di qualità basato su categorie genetiche per il rilevamento e il filtraggio dei valori anomali.
- Analisi dell'ontologia genica integrata tramite il pacchetto STRINGdb R.
- Elaborazione rapida tramite compilazione C++ di passaggi ad alta intensità di calcolo.
Pubblico
Scienza / Ricerca
Interfaccia utente
Web based-
Linguaggio di programmazione
C++, S/R
Categorie
Questa è un'applicazione che può essere scaricata anche da https://sourceforge.net/projects/mopac/. È stato ospitato in OnWorks per essere eseguito online nel modo più semplice da uno dei nostri Sistemi Operativi gratuiti.
