Questa è l'app Linux denominata Opera la cui ultima versione può essere scaricata come OPERA-LG_v2.0.6.tar.gz. Può essere eseguito online nel provider di hosting gratuito OnWorks per workstation.
Scarica ed esegui online questa app chiamata Opera con OnWorks gratuitamente.
Segui queste istruzioni per eseguire questa app:
- 1. Scaricata questa applicazione sul tuo PC.
- 2. Entra nel nostro file manager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con il nome utente che desideri.
- 3. Carica questa applicazione in tale file manager.
- 4. Avviare l'emulatore online OnWorks Linux o Windows online o l'emulatore online MACOS da questo sito Web.
- 5. Dal sistema operativo OnWorks Linux che hai appena avviato, vai al nostro file manager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con il nome utente che desideri.
- 6. Scarica l'applicazione, installala ed eseguila.
Opera
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DESCRIZIONE
Opera (Optimal Paired-End Read Assembler) è un programma di assemblaggio di sequenze (http://en.wikipedia.org/wiki/Sequence_assembly). Utilizza le informazioni di letture paired-end o lunghe per ordinare e orientare in modo ottimale i contig assemblati dalle letture di sequenziamento shotgun.Una versione aggiornata denominata OPERA-LG è stata riprogettata con funzionalità per l'assemblaggio di genomi grandi e complessi.
Song Gao, Denis Bertrand, Burton KH Chia e Niranjan Nagarajan. OPERA-LG: impalcatura efficiente ed esatta di genomi eucariotici grandi e ricchi di ripetizioni con garanzie di prestazioni. Biologia del genoma, maggio 2016, doi: 10.1186/s13059-016-0951-y.
Song Gao, Wing-Kin Sung, Niranjan Nagarajan. Opera: ricostruzione di scaffold genomici ottimali con sequenze paired-end ad alto rendimento. Journal of Computational Biology, settembre 2011, doi:10.1089/cmb.2011.0170.
Caratteristiche
- Assemblaggio con garanzie di prestazione
- Assemblaggio di genomi grandi e complessi
- Supporta i dati di sequenziamento di terza generazione (PacBio, Nanopore)
- Assemblaggio di sequenze ripetute
- Memoria migliorata ed efficienza di runtime
Questa è un'applicazione che può anche essere scaricata da https://sourceforge.net/projects/operasf/. È stato ospitato in OnWorks per essere eseguito online in modo più semplice da uno dei nostri sistemi operativi gratuiti.
