Questa è l'app Linux denominata P3BSseq la cui ultima versione può essere scaricata come P3BSseq_v2.1.zip. Può essere eseguito online nel provider di hosting gratuito OnWorks per workstation.
Scarica ed esegui online gratuitamente questa app denominata P3BSseq con OnWorks.
Segui queste istruzioni per eseguire questa app:
- 1. Scaricata questa applicazione sul tuo PC.
- 2. Entra nel nostro file manager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con il nome utente che desideri.
- 3. Carica questa applicazione in tale file manager.
- 4. Avviare l'emulatore online OnWorks Linux o Windows online o l'emulatore online MACOS da questo sito Web.
- 5. Dal sistema operativo OnWorks Linux che hai appena avviato, vai al nostro file manager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con il nome utente che desideri.
- 6. Scarica l'applicazione, installala ed eseguila.
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P3BSseq
DESCRIZIONE
L'elaborazione del sequenziamento con bisolfito (BSseq) è tra le applicazioni di sequenziamento di nuova generazione (NGS) più complesse. Sebbene siano disponibili alcuni strumenti di elaborazione BSseq, sono sparsi, richiedono parametri sconcertanti e richiedono tempi di esecuzione e utilizzo della memoria. Abbiamo sviluppato P3BSseq, una pipeline di elaborazione parallela per un'analisi rapida, accurata e automatica delle letture BSseq che ritaglia, allinea, annota, registra i risultati intermedi, esegue la valutazione della qualità della conversione del bisolfito, genera il metiloma BED e riporta i file seguendo gli standard NIH. P3BSseq supera i noti mappatori BSseq per quanto riguarda il tempo di esecuzione, i requisiti hardware del computer. Abbiamo ottimizzato i parametri P3BSseq per le librerie direzionali e non direzionali e per le letture single-end e paired-end di Whole Genome e Reduced Representation BSseq. P3BSseq è una soluzione semplificata di facile utilizzo per l'analisi upstream BSseq, che richiede solo conoscenze informatiche di base e NGS.
Caratteristiche
- Elaborazione dati Next Generation Sequencing (NGS)
- Analisi metilomica del DNA
- Elaborazione parallela
- Rappresentazione ridotta del sequenziamento del bisolfito (RRBS)
Pubblico
Scienza / Ricerca
Interfaccia utente
Console/Terminale
Linguaggio di programmazione
Python
Categorie
Questa è un'applicazione che può anche essere scaricata da https://sourceforge.net/projects/p3bsseq/. È stato ospitato in OnWorks per essere eseguito online nel modo più semplice da uno dei nostri sistemi operativi gratuiti.
