Questa è l'app Linux denominata ParaSim la cui ultima versione può essere scaricata come parasim-v0.05.zip. Può essere eseguito online nel provider di hosting gratuito OnWorks per workstation.
Scarica ed esegui online gratuitamente questa app denominata ParaSim con OnWorks.
Segui queste istruzioni per eseguire questa app:
- 1. Scaricata questa applicazione sul tuo PC.
- 2. Entra nel nostro file manager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con il nome utente che desideri.
- 3. Carica questa applicazione in tale file manager.
- 4. Avviare l'emulatore online OnWorks Linux o Windows online o l'emulatore online MACOS da questo sito Web.
- 5. Dal sistema operativo OnWorks Linux che hai appena avviato, vai al nostro file manager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con il nome utente che desideri.
- 6. Scarica l'applicazione, installala ed eseguila.
IMMAGINI
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ParaSim
DESCRIZIONE
Le valutazioni della diversità e i confronti di database di composti di grandi dimensioni richiedono il calcolo delle somiglianze di milioni di composti in un tempo conveniente. ParaSim affronta questa sfida parallelizzando i calcoli in base al numero di core di calcolo disponibili su una singola macchina. È ottimizzato per il throughput di un numero molto elevato di strutture di query rispetto a un numero molto elevato di strutture di riferimento. Come caratteristica speciale, ParaSim consente di archiviare e accedere a set di dati richiesti frequentemente come oggetti persistenti in memoria per brevi tempi di risposta.
ParaSim calcola le somiglianze chimiche in base alle impronte digitali strutturali binarie. Non calcola le impronte digitali da solo, ma si affida a software di terze parti per farlo. Fondamentalmente, ParaSim può utilizzare tutti i tipi di impronte digitali strutturali che possono essere archiviate in una matrice di bit (un set di bit).
Vedi il Wiki (https://sourceforge.net/p/parasim/wiki/Documentation/) per una documentazione dettagliata.
FEEDBACK MOLTO APPREZZATO!
Caratteristiche
- Fa uso di più core di elaborazione
- Può archiviare e accedere alle impronte digitali in modo persistente nella memoria
- Risultati riportati: query ID molecola, ID molecola di riferimento, coefficiente di somiglianza e, facoltativamente, dati aggiuntivi come Smiles/InChi-Key/stringa Chime ecc.
- Consente il numero definito dall'utente di risultati per query e soglie di somiglianza
- Consente diverse dimensioni di bitset di impronte digitali
- Fornisce informazioni dettagliate sullo stato di avanzamento su richiesta
- Nessuna installazione richiesta
- Legge le impronte digitali come bitset con codifica Base64 da file .txt o .txt.gz
- Applicazioni demo per RDKit, PipelinePilot(TM) e Knime incluse
- Script inclusi per cercare direttamente da file SDF o Smiles
Pubblico
Sviluppatori, utenti finali/desktop, tester, scienza/ricerca
Interfaccia utente
Riga di comando, Console/Terminale
Linguaggio di programmazione
C, Perl, Python
Categorie
Questa è un'applicazione che può anche essere scaricata da https://sourceforge.net/projects/parasim/. È stato ospitato in OnWorks per essere eseguito online nel modo più semplice da uno dei nostri sistemi operativi gratuiti.
