Si tratta dell'app Linux denominata PARSEC - PAtteRn SEarch / Context, la cui ultima versione può essere scaricata come PARSEC_Deployment_Package_v2.zip. Può essere eseguita online sul provider di hosting gratuito OnWorks per workstation.
Scarica ed esegui online gratuitamente questa app denominata PARSEC - PAtteRn SEarch / Context con OnWorks.
Segui queste istruzioni per eseguire questa app:
- 1. Scaricata questa applicazione sul tuo PC.
- 2. Entra nel nostro file manager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con il nome utente che desideri.
- 3. Carica questa applicazione in tale file manager.
- 4. Avviare l'emulatore online OnWorks Linux o Windows online o l'emulatore online MACOS da questo sito Web.
- 5. Dal sistema operativo OnWorks Linux che hai appena avviato, vai al nostro file manager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con il nome utente che desideri.
- 6. Scarica l'applicazione, installala ed eseguila.
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PARSEC - Ricerca di modelli / Contesto
DESCRIZIONE
La caratterizzazione dei siti genomici rappresenta una sfida importante per la comprensione e l'utilizzo dei dati di sequenziamento di nuova generazione. La maggior parte dei siti genomici è rappresentata da brevi motivi degenerati con una distribuzione sparsa e talvolta con una funzione biologica (ad esempio: regolazione dell'espressione genica, pattern di splicing o segnali epigenetici). Questi motivi sono associati a un'enorme quantità di rumore e, pertanto, lo sviluppo di una piattaforma computazionale per il rilevamento accurato dei siti genomici richiede l'integrazione di vari dati biologici su larga scala al fine di filtrare i falsi positivi.
PARSEC rappresenta una soluzione intuitiva, modulare (facilmente estensibile) e completa per l'integrazione efficiente di numerose informazioni genomiche diverse, al fine di eseguire la localizzazione e la caratterizzazione non lineare di siti biologici in un ambiente di facile utilizzo.
Consultare la wiki per i requisiti hardware e i browser supportati.
Pubblico
Scienza / Ricerca
Interfaccia utente
Web based-
Linguaggio di programmazione
C++, Java
Ambiente database
JDBC, MySQL, PostgreSQL (pgsql)
Categorie
Questa applicazione può essere scaricata anche da https://sourceforge.net/projects/genomicparsec/. È ospitata su OnWorks per poter essere eseguita online nel modo più semplice da uno dei nostri sistemi operativi gratuiti.
