Questa è l'app Linux chiamata pipasic, la cui ultima versione può essere scaricata come README.txt. Può essere eseguita online sul provider di hosting gratuito OnWorks per workstation.
Scarica ed esegui online gratuitamente questa app chiamata pipasic con OnWorks.
Segui queste istruzioni per eseguire questa app:
- 1. Scaricata questa applicazione sul tuo PC.
- 2. Entra nel nostro file manager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con il nome utente che desideri.
- 3. Carica questa applicazione in tale file manager.
- 4. Avviare l'emulatore online OnWorks Linux o Windows online o l'emulatore online MACOS da questo sito Web.
- 5. Dal sistema operativo OnWorks Linux che hai appena avviato, vai al nostro file manager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con il nome utente che desideri.
- 6. Scarica l'applicazione, installala ed eseguila.
IMMAGINI
Ad
pipasico
DESCRIZIONE
L'analisi metaproteomica consente di studiare l'interazione tra organismi o gruppi funzionali ed è diventata sempre più popolare anche a fini diagnostici. Tuttavia, sorgono difficoltà dovute all'elevata similarità di sequenza tra organismi correlati. Inoltre, lo stato di conservazione delle proteine tra specie può essere correlato al loro livello di espressione, il che può portare a significativi bias nei risultati e nell'interpretazione. Queste sfide sono simili, ma non identiche, a quelle che si presentano nell'analisi di campioni metagenomici e richiedono soluzioni specifiche.
pipasic (correzione della similarità dell'abbondanza del proteoma ponderata in base all'intensità del peptide) è uno strumento che corregge i risultati di quantificazione basati sull'identificazione e sul conteggio spettrale utilizzando la stima della similarità dei peptidi e la ponderazione del livello di espressione all'interno di un framework lazo non negativo. pipasic presenta vantaggi distinti rispetto agli approcci che riguardano solo peptidi unici o che aggregano i risultati al minimo antenato comune.
Pubblico
Scienza / Ricerca
Interfaccia utente
Riga di comando
Linguaggio di programmazione
Python
Categorie
Questa applicazione può essere scaricata anche da https://sourceforge.net/projects/pipasic/. È ospitata su OnWorks per poter essere eseguita online nel modo più semplice da uno dei nostri sistemi operativi gratuiti.
