Questa è l'app Linux denominata Protospacer Workbench la cui ultima versione può essere scaricata come Protospacer_Workbench.MacOSX.64bit.tar.gz. Può essere eseguito online nel provider di hosting gratuito OnWorks per workstation.
Scarica ed esegui online questa app denominata Protospacer Workbench con OnWorks gratuitamente.
Segui queste istruzioni per eseguire questa app:
- 1. Scaricata questa applicazione sul tuo PC.
- 2. Entra nel nostro file manager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con il nome utente che desideri.
- 3. Carica questa applicazione in tale file manager.
- 4. Avviare l'emulatore online OnWorks Linux o Windows online o l'emulatore online MACOS da questo sito Web.
- 5. Dal sistema operativo OnWorks Linux che hai appena avviato, vai al nostro file manager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con il nome utente che desideri.
- 6. Scarica l'applicazione, installala ed eseguila.
IMMAGINI
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Banco da lavoro Protospacer
DESCRIZIONE
Protospacer Workbench aiuta a progettare, analizzare e condividere i siti target CRISPR per qualsiasi organismo o set di sequenze formattate FASTA.La progettazione di guide-RNA per il sistema di editing del genoma CRISPR/Cas è intuitivamente facile, ma computazionalmente difficile. La difficoltà principale nasce dalla necessità di individuare potenziali fuori target che possono essere molto diversi dal target previsto. Gli attuali strumenti online per la progettazione dell'RNA guida forniscono un'interfaccia intuitiva per software di mappatura delle sequenze come Bowtie o BLAST. Tuttavia, sebbene veloci, questi algoritmi di mappatura non sono stati progettati con un'elevata tolleranza all'errore, una caratteristica fondamentale per determinare potenziali fuori target. Dove gli strumenti online falliscono, gli strumenti offline hanno successo. Tuttavia, gli strumenti offline richiedono la conoscenza della riga di comando che pochi hanno a disposizione di CRISPR. Protospacer Workbench mira a colmare il divario tra la progettazione di guide-RNA online e offline. Il software è attualmente disponibile per OS X e verrà presto portato su altri sistemi operativi.
Caratteristiche
- Trova rapidamente tutti i target CRISPR disponibili
- Valutare accuratamente i progetti di RNA guida
- Condividi obiettivi e liste guida-RNA
- Design per qualsiasi organismo
- Gestire più database
- Flusso di lavoro passo dopo passo
- Ottieni rapporti sulle prestazioni previste dell'RNA guida
- Utilizza più strumenti di terze parti da un'unica interfaccia
- Design multi-target
- Gestire elenchi di RNA target/guida di grandi dimensioni
Questa è un'applicazione che può essere scaricata anche da https://sourceforge.net/projects/protospacerwb/. È stato ospitato in OnWorks per essere eseguito online in modo più semplice da uno dei nostri sistemi operativi gratuiti.
