Si tratta dell'app Linux denominata PTESFinder, la cui ultima versione può essere scaricata come ptesfinder_v1.tar.gz. Può essere eseguita online sul provider di hosting gratuito OnWorks per workstation.
Scarica ed esegui online gratuitamente questa app chiamata PTESFinder con OnWorks.
Segui queste istruzioni per eseguire questa app:
- 1. Scaricata questa applicazione sul tuo PC.
- 2. Entra nel nostro file manager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con il nome utente che desideri.
- 3. Carica questa applicazione in tale file manager.
- 4. Avviare l'emulatore online OnWorks Linux o Windows online o l'emulatore online MACOS da questo sito Web.
- 5. Dal sistema operativo OnWorks Linux che hai appena avviato, vai al nostro file manager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con il nome utente che desideri.
- 6. Scarica l'applicazione, installala ed eseguila.
PTESFinder
Ad
DESCRIZIONE
PTESFinder è una pipeline computazionale per l'identificazione di eventi di Post-Transcriptional Exon Shuffling da dati RNAseq ad alto rendimento. PTESFinder sfrutta la potenza degli strumenti RNAseq consolidati ed esclude sistematicamente tutte le classi note di strutture false positive applicando filtri rigorosi progettati per colpire specificamente questi falsi positivi. PTESFinder confronta le qualità di allineamento delle letture mappate su presunte strutture PTES con le qualità delle stesse letture quando mappate su regioni genomiche e trascritti sottoposti a splicing canonico. Questo approccio aumenta l'affidabilità delle letture che supportano PTES. Le letture derivanti da eventi di cambio di template sono spesso caratterizzate da grandi indel quando allineate al trascrittoma. PTESFinder utilizza filtri aggiuntivi per escludere le letture con allineamenti ambigui attorno alle giunzioni esone-esone di PTES, aumentando ulteriormente l'affidabilità di queste letture di supporto. PTESFinder identifica più strutture PTES rispetto ad altri metodi pubblicati, mantenendo al contempo un'elevata specificità.
Pubblico
Scienza / Ricerca
Interfaccia utente
Riga di comando
Linguaggio di programmazione
Shell Unix, Java
Categorie
Questa applicazione può essere scaricata anche da https://sourceforge.net/projects/ptesfinder-v1/. È ospitata su OnWorks per poter essere eseguita online nel modo più semplice da uno dei nostri sistemi operativi gratuiti.
