Questa è l'app Linux denominata QUASR, eseguibile online su Linux, la cui ultima versione può essere scaricata come QUASR_v7.01.tar. Può essere eseguita online sul provider di hosting gratuito OnWorks per workstation.
Scarica ed esegui online questa app chiamata QUASR per eseguirla gratuitamente su Linux online con OnWorks.
Segui queste istruzioni per eseguire questa app:
- 1. Scaricata questa applicazione sul tuo PC.
- 2. Entra nel nostro file manager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con il nome utente che desideri.
- 3. Carica questa applicazione in tale file manager.
- 4. Avviare l'emulatore online OnWorks Linux o Windows online o l'emulatore online MACOS da questo sito Web.
- 5. Dal sistema operativo OnWorks Linux che hai appena avviato, vai al nostro file manager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con il nome utente che desideri.
- 6. Scarica l'applicazione, installala ed eseguila.
IMMAGINI
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QUASR verrà eseguito online su Linux
DESCRIZIONE
QUASR è una pipeline leggera scritta per elaborare e analizzare i dati di sequenziamento di nuova generazione (NGS) dalle piattaforme Illumina, 454 e Ion Torrent. Sebbene originariamente scritto per dati virali, è abbastanza generico da funzionare su qualsiasi set di dati NGS. Le funzioni includono:rimozione duplicata
demultiplazione
rimozione del primer
grafici di garanzia della qualità (QA)
controllo di qualità (QC)
generazione di consenso
determinazione della variante di minoranza
rappresentazione grafica delle varianti minoritarie
La versione corrente principale è 6.X, che è scritta in Python3. 7.X è la mia riscrittura in Java, ma è ancora in lavorazione. Entrambi sono scritti per essere il più leggeri possibile in modo che possano essere eseguiti con requisiti di memoria minimi su un desktop o laptop, nonché su un cluster di calcolo.
In caso di problemi con QUASR, contattami all'indirizzo e-mail fornito nel README.
Pubblico
Scienza / Ricerca
Interfaccia utente
Riga di comando
Linguaggio di programmazione
Python
Questa è un'applicazione che può anche essere scaricata da https://sourceforge.net/projects/quasr/. È stato ospitato in OnWorks per essere eseguito online nel modo più semplice da uno dei nostri sistemi operativi gratuiti.
