Questa è l'app Linux denominata qure la cui ultima versione può essere scaricata come QuRe_v0.99971.zip. Può essere eseguito online nel provider di hosting gratuito OnWorks per workstation.
Scarica ed esegui online questa app chiamata qure con OnWorks gratuitamente.
Segui queste istruzioni per eseguire questa app:
- 1. Scaricata questa applicazione sul tuo PC.
- 2. Entra nel nostro file manager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con il nome utente che desideri.
- 3. Carica questa applicazione in tale file manager.
- 4. Avviare l'emulatore online OnWorks Linux o Windows online o l'emulatore online MACOS da questo sito Web.
- 5. Dal sistema operativo OnWorks Linux che hai appena avviato, vai al nostro file manager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con il nome utente che desideri.
- 6. Scarica l'applicazione, installala ed eseguila.
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DESCRIZIONE
QuRe è un programma per la ricostruzione di quasispecie virali, sviluppato specificamente per analizzare dati NGS a lettura lunga (>100 bp). Il software esegue allineamenti di frammenti di sequenza rispetto a un genoma di riferimento, trova una divisione ottimale del genoma in finestre scorrevoli in base alla copertura e alla diversità e tenta di ricostruire tutte le singole sequenze delle quasispecie virali - insieme alla loro prevalenza - utilizzando un metodo euristico algoritmo, che corrisponde alle distribuzioni multinomiali di varianti virali distinte che si sovrappongono nella divisione del genoma. QuRe è dotato di un metodo di correzione degli errori di Poisson integrato e di un clustering probabilistico post-ricostruzione, entrambi parametrizzati su determinati tassi di errore nelle regioni omopolimeriche e non omopolimeriche.Questa è un'applicazione che può anche essere scaricata da https://sourceforge.net/projects/qure/. È stato ospitato in OnWorks per essere eseguito online nel modo più semplice da uno dei nostri sistemi operativi gratuiti.