Questa è l'app Linux denominata sgRNAcas9, la cui ultima versione può essere scaricata come sgRNAcas9_3.0.5.zip. Può essere eseguita online sul provider di hosting gratuito OnWorks per workstation.
Scarica ed esegui online questa app denominata sgRNAcas9 con OnWorks gratuitamente.
Segui queste istruzioni per eseguire questa app:
- 1. Scaricata questa applicazione sul tuo PC.
- 2. Entra nel nostro file manager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con il nome utente che desideri.
- 3. Carica questa applicazione in tale file manager.
- 4. Avviare l'emulatore online OnWorks Linux o Windows online o l'emulatore online MACOS da questo sito Web.
- 5. Dal sistema operativo OnWorks Linux che hai appena avviato, vai al nostro file manager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con il nome utente che desideri.
- 6. Scarica l'applicazione, installala ed eseguila.
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sgRNAcas9
DESCRIZIONE
Questo pacchetto è costituito da programmi per eseguire una ricerca di siti target CRISPR (protospacer) con parametri definiti dall'utente, prevedere potenziali siti di clivaggio fuori bersaglio Cas9 a livello di genoma (POT), classificare il POT in tre categorie, oligonucleotidi di progettazione batch per la costruzione di 20 -nt (nucleotidi) o vettori di espressione sgRNA troncati, estraggono le sequenze nucleotidiche della lunghezza desiderata che fiancheggiano i siti di scissione on o off-target per la progettazione di coppie di primer PCR per convalidare le mutazioni mediante il saggio di scissione T7E1. È importante sottolineare che, identificando potenziali siti fuori bersaglio in silico, sgRNAcas9 consente la selezione di siti bersaglio più specifici e aiuta l'identificazione di siti fuori bersaglio in buona fede, facilitando significativamente la progettazione di sgRNA per applicazioni di modifica del genoma.Cita: Xie S, ShenB, Zhang C, Huang X, Zhang Y. sgRNAcas9: un pacchetto software per la progettazione di sgRNA CRISPR e la valutazione di potenziali siti di clivaggio fuori bersaglio. PLoS One. 2014,9(6):e100448.
http://www.biootools.com/
Questa è un'applicazione che può anche essere scaricata da https://sourceforge.net/projects/sgrnacas9/. È stato ospitato in OnWorks per essere eseguito online in modo più semplice da uno dei nostri sistemi operativi gratuiti.
