Questa è l'app Linux denominata SnowyOwl la cui ultima versione può essere scaricata come SnowyOwl-2.0.3.tar.gz. Può essere eseguito online nel provider di hosting gratuito OnWorks per workstation.
Scarica ed esegui online gratuitamente questa app chiamata SnowyOwl con OnWorks.
Segui queste istruzioni per eseguire questa app:
- 1. Scaricata questa applicazione sul tuo PC.
- 2. Entra nel nostro file manager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con il nome utente che desideri.
- 3. Carica questa applicazione in tale file manager.
- 4. Avviare l'emulatore online OnWorks Linux o Windows online o l'emulatore online MACOS da questo sito Web.
- 5. Dal sistema operativo OnWorks Linux che hai appena avviato, vai al nostro file manager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con il nome utente che desideri.
- 6. Scarica l'applicazione, installala ed eseguila.
IMMAGINI
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Gufo delle nevi
DESCRIZIONE
SnowyOwl è una pipeline di previsione genica che utilizza i dati RNA-Seq per addestrare e fornire suggerimenti per la generazione di previsioni genetiche basate sul modello di Markov nascosto (HMM) e per valutare i modelli risultanti. La pipeline è stata convalidata e semplificata confrontando le sue previsioni con modelli genetici curati manualmente in tre genomi fungini e i suoi risultati mostrano aumenti sostanziali di sensibilità e selettività rispetto alle precedenti previsioni genetiche. La sensibilità si ottiene eseguendo ripetutamente il predittore del gene HMM Augustus con vari parametri di input e la selettività scegliendo i modelli con la migliore omologia con le proteine note e il miglior accordo con i dati RNA-Seq. SnowyOwl ha predetto con successo i geni in 26 nuovi genomi fungini.
La pipeline può essere installata localmente per un throughput elevato e il controllo sulla configurazione. Può anche essere eseguito su un server remoto tramite una comoda interfaccia web per un uso occasionale.
Caratteristiche
- Predizione genica utilizzando i dati RNA-Seq
- Alta sensibilità e specificità
- Pipeline semplificata e convalidata con modelli genetici curati manualmente
- Altamente configurabile
- Configurazione predefinita per funghi ascomiceti e basidiomiceti
- Installa ed esegui localmente per controllo e flessibilità
- Esegui in remoto tramite un'interfaccia web per comodità
Pubblico
Scienza/Ricerca, Utenti finali avanzati
Interfaccia utente
Basato sul Web, Riga di comando, GTK+
Linguaggio di programmazione
Pitone, PHP
Categorie
Questa è un'applicazione che può anche essere scaricata da https://sourceforge.net/projects/snowyowl/. È stato ospitato in OnWorks per essere eseguito online in modo più semplice da uno dei nostri sistemi operativi gratuiti.