Questa è l'app Linux denominata SOAP3-DP la cui ultima versione può essere scaricata come soap3-dp-2.3.172-cuda4.2-linux-AmazonEC2.tar.gz. Può essere eseguito online nel provider di hosting gratuito OnWorks per workstation.
Scarica ed esegui online gratuitamente questa app denominata SOAP3-DP con OnWorks.
Segui queste istruzioni per eseguire questa app:
- 1. Scaricata questa applicazione sul tuo PC.
- 2. Entra nel nostro file manager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con il nome utente che desideri.
- 3. Carica questa applicazione in tale file manager.
- 4. Avviare l'emulatore online OnWorks Linux o Windows online o l'emulatore online MACOS da questo sito Web.
- 5. Dal sistema operativo OnWorks Linux che hai appena avviato, vai al nostro file manager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con il nome utente che desideri.
- 6. Scarica l'applicazione, installala ed eseguila.
IMMAGINI
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SOAP3-DP
DESCRIZIONE
Ultimo codice su GitHub:
https://github.com/aquaskyline/SOAP3-dp
SOAP3-dp, sfruttando la potenza di calcolo sia della CPU che della GPU con algoritmi ottimizzati, offre alta velocità e sensibilità contemporaneamente. Rispetto agli allineatori ampiamente adottati tra cui BWA, Bowtie2, SeqAlto, CUSHAW2, GEM e gli allineatori basati su GPU BarraCUDA e CUSHAW, SOAP3-dp è risultato essere da due a decine di volte più veloce, pur mantenendo la massima sensibilità e il più basso tasso di falsa scoperta (FDR ) su Illumina legge con lunghezze diverse. SOAP3-dp supporta nativamente il formato file BAM e fornisce lo stesso schema di punteggio di BWA, che ne consente l'integrazione nelle pipeline di analisi esistenti.
Citazione: Luo R, Wong T, Zhu J, Liu CM, Zhu X, et al. (2013) SOAP3-dp: allineatore di lettura breve basato su GPU veloce, accurato e sensibile. PLoS UNO 8(5): e65632. doi:10.1371/journal.pone.0065632
Pubblico
Scienza / Ricerca
Interfaccia utente
Console/Terminale
Linguaggio di programmazione
C++, C
Categorie
Questa è un'applicazione che può anche essere scaricata da https://sourceforge.net/projects/soap3dp/. È stato ospitato in OnWorks per essere eseguito online nel modo più semplice da uno dei nostri sistemi operativi gratuiti.
