Questa è l'app Linux denominata Subread la cui ultima versione può essere scaricata come subread-2.0.4-Windows-x86_64.tar.gz. Può essere eseguito online nel provider di hosting gratuito OnWorks per workstation.
Scarica ed esegui online questa app denominata Subread con OnWorks gratuitamente.
Segui queste istruzioni per eseguire questa app:
- 1. Scaricata questa applicazione sul tuo PC.
- 2. Entra nel nostro file manager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con il nome utente che desideri.
- 3. Carica questa applicazione in tale file manager.
- 4. Avviare l'emulatore online OnWorks Linux o Windows online o l'emulatore online MACOS da questo sito Web.
- 5. Dal sistema operativo OnWorks Linux che hai appena avviato, vai al nostro file manager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con il nome utente che desideri.
- 6. Scarica l'applicazione, installala ed eseguila.
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DESCRIZIONE
Il pacchetto software Subread è un kit di strumenti per l'elaborazione dei dati di sequenziamento di nuova generazione. Include l'allineatore Subread, il rilevatore di giunzione esone-esone Subjunc e il programma di riepilogo delle letture featureCounts.
L'allineatore di sottolettura può essere utilizzato per allineare le letture gDNA-seq e RNA-seq. L'allineatore subjunc è stato specificato per il rilevamento della giunzione esone-esone. Per la mappatura delle letture RNA-seq, Subread esegue allineamenti locali e Subjunc esegue allineamenti globali. Subread e Subjunc sono stati pubblicati nel seguente articolo: Yang Liao, Gordon K Smyth e Wei Shi. "The Subread aligner: mappatura di lettura veloce, accurata e scalabile tramite seed-and-vote", Nucleic Acids Research, 2013, 41(10):e108
Caratteristiche
- leggi l'allineatore
- sequenziamento di nuova generazione
Pubblico
Scienza / Ricerca
Interfaccia utente
Riga di comando
Linguaggio di programmazione
C
Categorie
Questa è un'applicazione che può anche essere scaricata da https://sourceforge.net/projects/subread/. È stato ospitato in OnWorks per essere eseguito online nel modo più semplice da uno dei nostri sistemi operativi gratuiti.
