Questa è l'app Linux chiamata SuRankCo, la cui ultima versione può essere scaricata come surankco_r5.tar.gz. Può essere eseguita online sul provider di hosting gratuito OnWorks per workstation.
Scarica ed esegui online gratuitamente questa app chiamata SuRankCo con OnWorks.
Segui queste istruzioni per eseguire questa app:
- 1. Scaricata questa applicazione sul tuo PC.
- 2. Entra nel nostro file manager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con il nome utente che desideri.
- 3. Carica questa applicazione in tale file manager.
- 4. Avviare l'emulatore online OnWorks Linux o Windows online o l'emulatore online MACOS da questo sito Web.
- 5. Dal sistema operativo OnWorks Linux che hai appena avviato, vai al nostro file manager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con il nome utente che desideri.
- 6. Scarica l'applicazione, installala ed eseguila.
SuRankCo
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DESCRIZIONE
SuRankCo è un software basato sull'apprendimento automatico per assegnare punteggi e classificare i contig da assemblaggi de novo di dati di sequenziamento di nuova generazione. Si addestra con allineamenti di contig con genomi di riferimento noti e prevede punteggi e classificazioni per i contig che non hanno ancora un genoma di riferimento correlato.
Per maggiori dettagli su SuRankCo e il suo funzionamento, vedere
"SuRankCo: Classificazione supervisionata dei contig nelle assemblee de novo"
Mathias Kuhring, Piotr Wojtek Dabrowski, Andreas Nitsche e Bernhard Y. Renard
(http://www.biomedcentral.com/1471-2105/16/240/abstract)
NOTA BENE: si consiglia di leggere il documento e il file readme.txt prima di utilizzare SuRankCo.
Aggiornamento giugno 2015:
* Piccole modifiche per abilitare il supporto BAM.
Aggiornamento febbraio 2014:
* Aggiunto supporto per gli assembly FASTA/SAM oltre ad ACE/FASTQ(QUAL).
NOTA: le funzionalità degli assembly FASTA/SAM non includono ancora BaseCount, BaseSeqmentCount e ContigQualities.
Pubblico
Scienza / Ricerca
Interfaccia utente
Riga di comando
Linguaggio di programmazione
Giava, S/R
Categorie
Questa applicazione può essere scaricata anche da https://sourceforge.net/projects/surankco/. È ospitata su OnWorks per poter essere eseguita online nel modo più semplice da uno dei nostri sistemi operativi gratuiti.
