Questa è l'app Linux denominata TagGraph la cui ultima versione può essere scaricata come WindowsDockerTG.1.8.1.zip. Può essere eseguito online nel provider di hosting gratuito OnWorks per workstation.
Scarica ed esegui online questa app denominata TagGraph con OnWorks gratuitamente.
Segui queste istruzioni per eseguire questa app:
- 1. Scaricata questa applicazione sul tuo PC.
- 2. Entra nel nostro file manager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con il nome utente che desideri.
- 3. Carica questa applicazione in tale file manager.
- 4. Avviare l'emulatore online OnWorks Linux o Windows online o l'emulatore online MACOS da questo sito Web.
- 5. Dal sistema operativo OnWorks Linux che hai appena avviato, vai al nostro file manager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con il nome utente che desideri.
- 6. Scarica l'applicazione, installala ed eseguila.
IMMAGINI
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TagGraph
DESCRIZIONE
Sebbene la spettrometria di massa sia adatta per identificare migliaia di potenziali modifiche post-traduzionali delle proteine (PTM), storicamente è stata sbilanciata verso solo alcune. Per misurare l'intero set di PTM attraverso diversi proteomi, il software deve superare la duplice sfida di coprire enormi spazi di ricerca e distinguere le interpretazioni dello spettro corrette da quelle errate. Qui descriviamo TagGraph, uno strumento di calcolo che supera entrambe le sfide con un metodo di ricerca basato su stringhe senza restrizioni che è fino a 350 volte più veloce degli approcci esistenti e un modello di convalida probabilistico che abbiamo ottimizzato per le assegnazioni PTM. Abbiamo applicato TagGraph a un set di dati proteomico umano pubblicato di 25 milioni di spettri di massa e abbiamo triplicato le identificazioni di spettro sicure rispetto alla sua analisi originale. Abbiamo identificato migliaia di tipi di modifica su quasi 1 milione di siti nel proteoma.Caratteristiche
- Definizione di proteomi complessi con stringa
Pubblico
Istruzione
Interfaccia utente
Riga di comando
Linguaggio di programmazione
Python
Questa è un'applicazione che può essere scaricata anche da https://sourceforge.net/projects/taggraph/. È stato ospitato in OnWorks per essere eseguito online nel modo più semplice da uno dei nostri sistemi operativi gratuiti.