Questa è l'app Linux chiamata UniPyRange, eseguibile online su Linux. La sua ultima versione può essere scaricata come UniPyRangeSuite.py. Può essere eseguita online sul provider di hosting gratuito OnWorks per workstation.
Scarica ed esegui online questa app chiamata UniPyRange per eseguirla gratuitamente online su Linux con OnWorks.
Segui queste istruzioni per eseguire questa app:
- 1. Scaricata questa applicazione sul tuo PC.
- 2. Entra nel nostro file manager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con il nome utente che desideri.
- 3. Carica questa applicazione in tale file manager.
- 4. Avviare l'emulatore online OnWorks Linux o Windows online o l'emulatore online MACOS da questo sito Web.
- 5. Dal sistema operativo OnWorks Linux che hai appena avviato, vai al nostro file manager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con il nome utente che desideri.
- 6. Scarica l'applicazione, installala ed eseguila.
IMMAGINI
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UniPyRange verrà eseguito online su Linux
DESCRIZIONE
Script Python molto semplice che ti risparmia la fatica di contare gli amminoacidi/basi del DNA nei file fasta dal database Uniprot e NCBI RefSeq (1, 2).Supponiamo che tu voglia la sequenza di amminoacidi dell'intervallo 128-387 da una proteina di 1000 amminoacidi: questo script ti aiuterà a evitare errori di conteggio semplicemente mostrandoti la sequenza specificata negli amminoacidi e codificando le coppie di basi del DNA (ideale per la progettazione di primer di amplificazione ) di un ID Uniprot specificato.
- Richiede BioPython (3) e Pacchetto Bioservizi (4)
(1)
Il Consorzio UniProt
UniProt: un hub per le informazioni sulle proteine
Acidi nucleici Res. 43: D204-D212 (2015).
(2)
RefSeq: un aggiornamento sulle sequenze di riferimento dei mammiferi. Acidi nucleici Res. 2014 gennaio 1;42(1):D756-63.
(3)
Gallo PJ et al. Bioinformatica (2009)
(4)
Cokelaer et al, Bioinformatica (2013)
Linguaggio di programmazione
Python
Questa è un'applicazione che può anche essere scaricata da https://sourceforge.net/projects/unipyrange/. È stato ospitato in OnWorks per essere eseguito online in modo più semplice da uno dei nostri sistemi operativi gratuiti.
