Questa è l'app Linux denominata VarScan la cui ultima versione può essere scaricata come VarScan.v2.3.9.jar. Può essere eseguito online nel provider di hosting gratuito OnWorks per workstation.
Scarica ed esegui online questa app denominata VarScan con OnWorks gratuitamente.
Segui queste istruzioni per eseguire questa app:
- 1. Scaricata questa applicazione sul tuo PC.
- 2. Entra nel nostro file manager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con il nome utente che desideri.
- 3. Carica questa applicazione in tale file manager.
- 4. Avviare l'emulatore online OnWorks Linux o Windows online o l'emulatore online MACOS da questo sito Web.
- 5. Dal sistema operativo OnWorks Linux che hai appena avviato, vai al nostro file manager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con il nome utente che desideri.
- 6. Scarica l'applicazione, installala ed eseguila.
IMMAGINI
Ad
Varscan
DESCRIZIONE
Rilevamento di varianti nel sequenziamento massivo parallelo. Per un campione, chiama SNP, indel e genotipi di consenso. Per le coppie tumore-normale, classifica ulteriormente ogni variante come linea germinale, somatica o LOH e rileva anche i cambiamenti del numero di copie somatiche. L'ULTIMA VERSIONE E' DISPONIBILE SU GITHUB
Caratteristiche
- Richiama SNP e Indel dai file pileup di SAMtools
- Filtra le varianti per copertura, profondità di lettura, frequenza delle varianti e qualità di base
- Determina lo stato somatico (somatico, germinale, LOH) per le coppie tumore-normale
- Confronta, unisce e interseca due elenchi di varianti
- Limita le chiamate delle varianti a una serie di posizioni o regioni di destinazione
- Gratuito per uso non commerciale.
Pubblico
Scienza / Ricerca
Interfaccia utente
Riga di comando
Linguaggio di programmazione
Java
Categorie
Questa è un'applicazione che può anche essere scaricata da https://sourceforge.net/projects/varscan/. È stato ospitato in OnWorks per essere eseguito online in modo più semplice da uno dei nostri sistemi operativi gratuiti.
