Questa è l'app Linux chiamata WellMeth, la cui ultima versione può essere scaricata come wellmeth-1.0.tar.gz. Può essere eseguita online sul provider di hosting gratuito OnWorks per workstation.
Scarica ed esegui online gratuitamente questa app chiamata WellMeth con OnWorks.
Segui queste istruzioni per eseguire questa app:
- 1. Scaricata questa applicazione sul tuo PC.
- 2. Entra nel nostro file manager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con il nome utente che desideri.
- 3. Carica questa applicazione in tale file manager.
- 4. Avviare l'emulatore online OnWorks Linux o Windows online o l'emulatore online MACOS da questo sito Web.
- 5. Dal sistema operativo OnWorks Linux che hai appena avviato, vai al nostro file manager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con il nome utente che desideri.
- 6. Scarica l'applicazione, installala ed eseguila.
WellMeth
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DESCRIZIONE
WellMeth è un framework integrato per l'analisi Bisulfite-Seq a rappresentazione ridotta
Caratteristiche
- Espande l'approccio Genotyping by Sequencing (GBS) alla rilevazione di citosine metilate nel DNA genomico
- Si basa sulla disponibilità di genomi di riferimento di alta qualità e per la costruzione della libreria si raccomanda una doppia digestione di restrizione con due enzimi insensibili alla metilazione
- Per il sequenziamento a lettura breve paired-end verranno applicati adattatori asimmetrici forward e reverse con codici a barre lunghi da 4 a 6 nt e un numero fisso di nucleotidi casuali (identificatori molecolari unici, UMI) adiacenti ai codici a barre
- Le informazioni UMI saranno utilizzate per l'identificazione post-allineamento dei duplicati della PCR
- Consiste di quattro moduli sovrapposti: pre-elaborazione, mappatura, rilevamento delle varianti di metilazione e metilazione differenziale
- I moduli sono interconnessi da script wrapper personalizzabili che consentono un'esecuzione completamente automatizzata
- Veloce, preciso e leggero
Interfaccia utente
Console/Terminale
Categorie
Questa è un'applicazione che può anche essere scaricata da https://sourceforge.net/projects/wellmeth/. È stato ospitato in OnWorks per essere eseguito online nel modo più semplice da uno dei nostri sistemi operativi gratuiti.
