Questa è l'app Windows denominata codonPhyML da eseguire in Windows online su Linux online la cui ultima versione può essere scaricata come codonPhyML_dev_1.00_201407.24.zip. Può essere eseguito online nel provider di hosting gratuito OnWorks per workstation.
Scarica ed esegui online questa app denominata codonPhyML per eseguirla gratuitamente su Windows online su Linux online con OnWorks.
Segui queste istruzioni per eseguire questa app:
- 1. Scaricata questa applicazione sul tuo PC.
- 2. Entra nel nostro file manager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con il nome utente che desideri.
- 3. Carica questa applicazione in tale file manager.
- 4. Avvia qualsiasi emulatore online OS OnWorks da questo sito Web, ma migliore emulatore online Windows.
- 5. Dal sistema operativo OnWorks Windows che hai appena avviato, vai al nostro file manager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con il nome utente che desideri.
- 6. Scarica l'applicazione e installala.
- 7. Scarica Wine dai repository software delle tue distribuzioni Linux. Una volta installato, puoi quindi fare doppio clic sull'app per eseguirli con Wine. Puoi anche provare PlayOnLinux, un'interfaccia fantasiosa su Wine che ti aiuterà a installare programmi e giochi Windows popolari.
Wine è un modo per eseguire il software Windows su Linux, ma senza Windows richiesto. Wine è un livello di compatibilità Windows open source in grado di eseguire programmi Windows direttamente su qualsiasi desktop Linux. Essenzialmente, Wine sta cercando di re-implementare abbastanza Windows da zero in modo che possa eseguire tutte quelle applicazioni Windows senza effettivamente bisogno di Windows.
IMMAGINI
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codonPhyML per essere eseguito in Windows online su Linux online
DESCRIZIONE
codonPhyML utilizza modelli di evoluzione del codone markoviano nella ricostruzione della filogenesi. Dato un insieme di specie caratterizzate dalle loro sequenze di DNA come input, codonPhyML restituirà l'albero filogenetico che meglio descrive la loro relazione evolutiva. Il nostro articolo che descrive codonPhyML è stato pubblicato sulla rivista "Molecular Biology and Evolution" (MBE). Per maggiori dettagli, segui il link: http://mbe.oxfordjournals.org/content/30/6/1270. codonPhyML è sulla copertina di MBE! Dai un'occhiata a questo (agosto 2013): http://mbe.oxfordjournals.org/content/30/8.toc.Per la versione multimodello di CodonPhyML, utilizzare il tarball 'codonphyml_multi.tgz'.
Caratteristiche
- Modelli di evoluzione del codone markoviano: Goldman & Yang 1994, Muse & Gaut 1994, Kosiol et al 2007, Schneider et al 2005, Yap et al 2010
- Euristica di ricerca della topologia ad albero NNI e SPR
- parametri del tasso di sostituzione stimati con la massima verosimiglianza
- supporto multicore tramite OpenMP
- verosimiglianza comparabile tra diversi modelli (es. AA, NT e CODON)
Pubblico
Scienza/Ricerca, Istruzione
Interfaccia utente
Console/terminale, riga di comando
Linguaggio di programmazione
C
Questa è un'applicazione che può anche essere scaricata da https://sourceforge.net/projects/codonphyml/. È stato ospitato in OnWorks per essere eseguito online nel modo più semplice da uno dei nostri sistemi operativi gratuiti.
