זוהי הפקודה autodock4 שניתן להפעיל בספק האירוח החינמי של OnWorks באמצעות אחת מתחנות העבודה המקוונות המרובות שלנו, כגון Ubuntu Online, Fedora Online, אמולטור מקוון של Windows או אמולטור מקוון של MAC OS
תָכְנִית:
שֵׁם
autodock - עגינה של ליגנדים כימיים לקולטני חלבון
תַקצִיר
autodock4 [אפשרויות]
תיאור
AutoDock מבצעת עגינה אוטומטית של תרכובות כימיות לחלבונים, כלומר היא מנבאת
כיצד מולקולות קטנות, כגון מצעים או מועמדים לתרופות, נקשרות לקולטן של תלת מימד ידוע
מבנה.
ה-AutoDockSuite מורכב משתי תוכנות עיקריות ש-AutoDock מבצע את העגינה שלהן
הליגנד לסט של רשתות המתארות את חלבון המטרה ו-AutoGrid מחשב מראש
רשתות אלה.
אפשרויות
-p parameter_filename
-l log_filename
-o השתמש בפורמט PDBQ ישן, טען q בעמודות 55-61
-k שמור על מספרי שאריות מקוריים
-i התעלם מבדיקת כותרות
-t נתח את קובץ PDBQ כדי לבדוק פיתולים, ואז עצור.
-c < command_file מצב פקודה, לפי קובץ
-c | control_program מצב פקודה, לפי control_program
דוגמא
בדביאן, הספרייה /usr/share/doc/autodock מציעה דוגמאות להפעלה. שנה לזה
ספריה ופרק (כבסיס) את קובצי המפה ה-gzipped, ולאחר מכן הפעל את AutoDock כפי שמוצג
להלן:
gunzip *.map.gz
autodock4 -p 1pgp.dpf -l /tmp/1pgp.dlg
פירוש התוצאות נעזר בחבילת AutoDockTools. אנא בדוק גם את
הדרכות המוצעות באינטרנט.
השתמש ב-autodock4 באינטרנט באמצעות שירותי onworks.net
