זהו כלי הפקודה autodocktools שניתן להפעיל בספק האירוח החינמי של OnWorks באמצעות אחת מתחנות העבודה המקוונות המרובות שלנו, כגון Ubuntu Online, Fedora Online, אמולטור מקוון של Windows או אמולטור מקוון של MAC OS
תָכְנִית:
שֵׁם
adt - AutoDockTools, חזית גרפית עבור AutoDock
תַקצִיר
runAdt [אפשרויות]
תיאור
דף מדריך זה הוא תרגום כמעט מילולי של הפלט שסופק על ידי runAdt -h
פקודה.
אפשרויות
סיכום האפשרויות כלול להלן. לתיאור מלא, עיין ב-
הדרכות ותיעוד הזמינים באינטרנט.
-ח, - עזרה
הצג סיכום של אפשרויות.
-a or --שוב
הפעל קובץ lastlog
--overwriteLog
להחליף קובץ יומן
--יומן ייחודי
ליצור קובץ יומן עם שם ייחודי
--noLog
לכבות את הרישום
--noSplash
כבה את מסך הפתיחה
--לָמוּת אל תתחיל לולאת אירועי GUI
-- התאמה אישית פילה
הפעל את הקובץ שצוין על ידי המשתמש
--lib שם חבילה
הוסף ספריות של פקודות
-v r, --חָזוֹן לָרוּץ
להפעיל רשתות vision בשורת הפקודה
-v o, --חָזוֹן פעם
להפעיל רשתות ראייה ולצאת מ-ADT
-d or --dmode מצבי
ציין מצב תצוגה
מצבים יכולים להיות כל שילוב של מצב תצוגה
'cpk': cpk
'קווים': קווים
'ss': סרט מבנה משני
'sb': מקלות וכדורים
'ליק': ליקריץ
'ms': משטח מולקולרי
'ca' : עקבות C-alpha
'bt': עקבות עמוד השדרה
'sp' : CA-spline
'sssb': מבנה משני לחלבונים, מקלות וכדורים עבור
קווים של שאריות אחרות עם קשרים לשאריות אחרות ללא קשרים
-c or --cmode מצבי
ציין ערכת צבעים של מצב תצוגה:
'ca': צבע לפי אטום
'cr': צבע לפי שאריות (סכימת RASMOL)
'cc': צבע אחר שרשרת
'ס"מ': צבע אחר מולקולה
'cdg': צבע באמצעות הסכימה של David Goodsell
'cs': שאריות צבע באמצעות ערכת Shapely
'css': צבע לפי אלמנט מבנה משני
דוגמא:
הצג חלבון כסרט, ללא חלבון כמקלות וכדורים וצבע לפי סוג אטום
adt -i --dmode sssb --cmode cr myprot.pdb
adt -i -m sssb -c cr myprot.pdb
השתמש בכלים אוטומטיים באינטרנט באמצעות שירותי onworks.net
