זוהי הפקודה autoligand שניתן להריץ בספק האירוח החינמי של OnWorks באמצעות אחת מתחנות העבודה המקוונות החינמיות שלנו, כגון Ubuntu Online, Fedora Online, אמולטור מקוון של Windows או אמולטור מקוון של MAC OS.
תָכְנִית:
שֵׁם
אוטוליגנד: - זיהוי אתר קישור הליגנד של הקולטן
תַקצִיר
מומלץ להפעיל את AutoLigand דרך ממשק המשתמש הגרפי שמספק autodocktools.
אוטוליגנד r FileBaseName -p #_of_pts האמור לעיל הוא פישוט שניתן עבור ה-
חבילת דביאן. הקריאה הרגילה משורת הפקודה היא דרך פייתון
/usr/share/pyshared/AutoDockTools/AutoLigand.py -r FileBaseName -p #_of_points
תיאור
אוטוליגנד הוא קישור סמלי לסקריפט הפייתון AutoLigand.py. זה מבצע פעולה
חקירה אוטומטית של הסבירות שחלק מסוים של חלבון ייקשר ל
ליגנדים.
תיאור הפקודה...
-r FileBaseName = רק חלק השם מקבצי מפת הקולטן (למשל, FileBaseName.C.map)
-p #_of_pts = מספר נקודות המילוי לשימוש (int)
הערה: ניתן להשמיט אם -a אופציה בשימוש.
פרמטרים אופציונליים:
[-a #] = מספר האטומים הכבדים עבור הליגנד (#_of_pts יוגדר ל-6x אטומים) [-x #
-y # -z #] = קואורדינטות x,y,z אופציונליות למילוי התחלתי (float)
כאשר נקודת ההתחלה מוזנת, רק מילוי אחד יבוצע
[-i # -j # -k #] = קואורדינטות x,y,z אופציונליות לנקודה השנייה (float)
כאשר נקודה שנייה מוזנת, המילוי יחבר את שתי הנקודות. הערה: החיבור
הנתיב לא עבר אופטימיזציה - יש להשתמש בשיקול דעת
[-f #] = מספר המילויים ליצירה - ברירת המחדל היא 10 [-e] = השתמש באטום הנוסף
סוגים NA, N, SA ו-A
הערה: תוצאות אלו עלולות להיות בעייתיות - יש להשתמש בשיקול דעת
[-m] = יצירת סרטון של התקדמות מילוי הפלט
השתמש באוטוליגנד באינטרנט באמצעות שירותי onworks.net
