זהו כלי הפקודות bamtools שניתן להפעיל בספק האירוח החינמי של OnWorks באמצעות אחת מתחנות העבודה המקוונות המרובות שלנו, כגון Ubuntu Online, Fedora Online, אמולטור מקוון של Windows או אמולטור מקוון של MAC OS
תָכְנִית:
שֵׁם
bamtools - ערכת כלים למניפולציה של קבצי BAM (יישור גנום).
תַקצִיר
bamtools [--עזרה] פקודה [ARGS]
תיאור
BamTools מאפשר ניתוח מחקר וניהול נתונים באמצעות קבצי BAM. זה מתמודד עם
הכמות העצומה של נתונים המיוצרים על ידי טכנולוגיות הרצף הנוכחיות, שהיא בדרך כלל
מאוחסנים בפורמטים בינאריים דחוסים שאינם מטופלים בקלות על ידי המנתחים מבוססי הטקסט
בשימוש נפוץ במחקר ביואינפורמטיקה.
אפשרויות
להמיר
ממיר בין BAM למספר פורמטים אחרים
ספירה מדפיס מספר יישורים בקבצי BAM
כיסוי
מדפיס סטטיסטיקות כיסוי מקובץ BAM הקלט
מסנן מסנן קבצי BAM לפי קריטריונים שצוינו על ידי המשתמש
header מדפיס מידע על כותרת BAM
index יוצר אינדקס עבור קובץ BAM
מיזוג מיזוג קבצי BAM מרובים לקובץ בודד
אקראי בחר יישורים אקראיים מקבצי BAM קיימים, שנועדו יותר כבדיקה
כלי.
לפתור
פותר קריאות קצה זוגיות (סימון דגל IsProperPair לפי הצורך)
revert מסיר סימנים כפולים ומשחזר את איכויות הבסיס המקוריות
sort ממיין את קובץ ה-BAM לפי כמה קריטריונים
split מפצלת קובץ BAM על מאפיין שצוין על ידי המשתמש, יצירת קובץ פלט BAM חדש עבור
כל ערך שנמצא
סטטיסטיקה מדפיסה כמה נתונים סטטיסטיים בסיסיים מקבצי BAM קלט(ים)
ראה 'bamtools help COMMAND' למידע נוסף על פקודה ספציפית.
השתמש ב-bamtools באינטרנט באמצעות שירותי onworks.net
