זוהי הפקודה bp_fetchp שניתן להפעיל בספק האירוח החינמי של OnWorks באמצעות אחת מתחנות העבודה המקוונות המרובות שלנו בחינם כגון Ubuntu Online, Fedora Online, אמולטור המקוון של Windows או אמולטור מקוון של MAC OS
תָכְנִית:
שֵׁם
bp_fetch.pl - מביא רצפים ממאגרי מידע באינדקס של ביופרל
תַקצִיר
bp_fetch.pl swiss:ROA1_HUMAN
bp_fetch.pl net::genbank:JX295726
bp_fetch.pl net::genpept:ROA1_HUMAN
bp_fetch.pl ace::myserver.somewhere.edu,21000:X56676
bp_fetch.pl -fmt GCG swiss:ROA1_HUMAN
תיאור
שואב רצפים באמצעות מערכות הגישה ל-DB בביופרל. השימוש הנפוץ ביותר בזה הוא
כדי להביא רצפים של bp_fetch מדדי ביופרל שנבנו באמצעות bpindex.pl, או להביא רצפים
מאתר NCBI
הפורמט לאחזור רצפים דומה באופן מכוון לפורמט GCG/EMBOSS כמו ה-
הבא:
db:name
עם פוטנציאל להכניס סוג מסד נתונים 'מטה', להיות
meta::db:name
המטא מידע יכול להיות אחד משלושה סוגים
מקומי - מסד נתונים של קבצים שטוחים באינדקס מקומי
net - מסד נתונים מבוסס http: ברשת
ace - מסד נתונים של ACeDB
ברירת המחדל של מידע זה היא 'מקומי' עבור שמות מסדי נתונים ללא מידע מטא db
אפשרויות
-fmt - פורמט פלט
Fasta (ברירת מחדל), EMBL, Raw, Swiss או GCG
-acc - מחרוזת היא מספר גישה, לא an
תְעוּדַת זֶהוּת.
אפשרויות לשימוש מומחים בלבד
-dir - ספרייה כדי למצוא את קבצי האינדקס
(עוקף BIOPERL_INDEX variable סביבה)
-סוּג - סוג קובץ DBM לפתיחה
(עוקף את משתנה הסביבה BIOPERL_INDEX_TYPE)
הסביבה
bp_index ו-bp_fetch קואורדינטות היכן שבסיסי הנתונים נמצאים באמצעות משתנה הסביבה
BIOPEL_INDEX. ניתן לעקוף זאת באמצעות האפשרות -dir. סוג האינדקס (SDBM או
DB_File או קובץ אינדקס אחר) נשלט על ידי המשתנה BIOPERL_INDEX_TYPE. זֶה
ברירת המחדל היא SDBM_File
משתמש IT את עצמך
bp_fetch הוא מעטפת סביב מודולי הביופרל התומכים ב-Bio::DB::BioSeqI
ממשק מופשט. אלו כוללים:
קוד מחבר
James Gilbert - Fasta indexer, Abstract indexer
אהרון מקאי - גישת GenBank ו-GenPept DB
Ewan Birney - EMBL .dat indexer
אנשים רבים - קוד SeqIO
ניתן להשתמש במודולים אלה ישירות, וזה הרבה יותר טוב משימוש בסקריפט זה כמערכת
שיחה או מקטרת לקרוא ממנה. קרא את קוד המקור של bp_fetch כדי לראות כיצד נעשה בו שימוש.
מַאֲרִיך IT
bp_fetch משתמש במספר מודולים שונים כדי לספק גישה לבסיסי נתונים. כל מודול
אשר נרשם לממשק Bio::DB::BioSeqI ניתן להשתמש כאן. לקובץ שטוח
אינדקס, הדבר נעשה בצורה הטובה ביותר על ידי הרחבת Bio::Index::Abstract, כפי שנעשה ב
Bio::Index::EMBL ו-Bio::Index::Fasta. עבור גישה למאגרי מידע אחרים תצטרך
גלגל את הממשק שלך.
עבור פורמטי פלט חדשים, עליך להוסיף מודול SeqIO חדש. הכי קל זה להסתכל
ב-Bio::SeqIO::Fasta ותבין איך לפרוץ אותו לפורמט שלך (תקראו לזה משהו
שונה ברור).
מָשׁוֹב
תפוצה רשימות
משוב משתמשים הוא חלק בלתי נפרד מההתפתחות של מודול זה ושל מודולים אחרים של ביופרל. לִשְׁלוֹחַ
ההערות וההצעות שלך רצוי לרשימת התפוצה של ביופרל. השתתפותך
מוערך מאוד.
[מוגן בדוא"ל] - דיון כללי
http://bioperl.org/wiki/Mailing_lists - לגבי רשימות התפוצה
דווח באגס
דווח על באגים למערכת מעקב באגים ביופרל כדי לעזור לנו לעקוב אחר הבאגים ושלהם
פתרון הבעיה. ניתן להגיש דוחות באגים דרך האינטרנט:
https://github.com/bioperl/bioperl-live/issues
השתמש ב-bp_fetchp באופן מקוון באמצעות שירותי onworks.net
