זוהי הפקודה bp_fetchp שניתן להריץ בספק האירוח החינמי של OnWorks באמצעות אחת מתחנות העבודה המקוונות החינמיות שלנו, כגון Ubuntu Online, Fedora Online, אמולטור מקוון של Windows או אמולטור מקוון של MAC OS.
תָכְנִית:
שֵׁם
bp_fetch.pl - אחזור רצפים ממאגרי מידע ממוחשבים של ביופרל
תַקצִיר
bp_fetch.pl שוויצרי:ROA1_HUMAN
bp_fetch.pl net::genbank:JX295726
bp_fetch.pl net::genpept:ROA1_HUMAN
bp_fetch.pl ace::myserver.somewhere.edu,21000:X56676
bp_fetch.pl -fmt GCG swiss:ROA1_HUMAN
תיאור
אחזור רצפים באמצעות מערכות גישה למסד הנתונים בביופרל. השימוש הנפוץ ביותר בכך הוא
כדי ל-bp_fetch רצפים מאינדקסי ביופרל שנבנו באמצעות bpindex.pl, או כדי לאחזר רצפים
מאתר האינטרנט של NCBI
הפורמט לאחזור רצפים דומה במכוון לפורמט GCG/EMBOSS כמו ה-
הבא:
שם מסד נתונים
עם פוטנציאל להכניס סוג מסד נתונים 'מטא', בהיותו
meta::db:name
המטא-מידע יכול להיות אחד משלושה סוגים
מקומי - מסד נתונים מקומי של קבצים שטוחים באינדקס
מסד נתונים מבוסס http ברשת - רשת
מסד נתונים של ace - ACeDB
מידע זה מוגדר כברירת מחדל ל-'מקומי' עבור שמות מסדי נתונים ללא מידע מטא-מסד נתונים
אפשרויות
-fmt - פורמט פלט
פאסטה (ברירת מחדל), EMBL, גולמי, שוויצרי או GCG
-acc - מחרוזת היא מספר גישה, לא
תְעוּדַת זֶהוּת.
אפשרויות לשימוש מקצועי בלבד
-dir - ספרייה למציאת קבצי האינדקס
(עוקף את משתנה הסביבה BIOPERL_INDEX)
-סוּג - סוג קובץ DBM לפתיחה
(עוקף את משתנה הסביבה BIOPERL_INDEX_TYPE)
הסביבה
הפונקציות bp_index ו-bp_fetch מתאימות את מיקום מסדי הנתונים באמצעות משתנה הסביבה.
BIOPERL_INDEX. ניתן לעקוף זאת באמצעות האפשרות -dir. סוג האינדקס (SDBM או
DB_File או קובץ אינדקס אחר) נשלט על ידי המשתנה BIOPERL_INDEX_TYPE. זה
ברירת המחדל היא SDBM_File
משתמש IT את עצמך
bp_fetch הוא עוטף סביב מודולי הביופרל התומכים ב-Bio::DB::BioSeqI
ממשק מופשט. אלה כוללים:
קוד המחבר
ג'יימס גילברט - אינדקסר פאסטה, אינדקסר מופשטים
אהרון מקיי - גישה למסד הנתונים GenBank ו-GenPept
Ewan Birney - EMBL .dat indexer
אנשים רבים - קוד SeqIO
ניתן להשתמש במודולים אלה ישירות, וזה הרבה יותר טוב משימוש בסקריפט הזה כמערכת.
קריאה או צינור לקריאה ממנו. קרא את קוד המקור של bp_fetch כדי לראות כיצד הוא משמש.
מַאֲרִיך IT
bp_fetch משתמש במספר מודולים שונים כדי לספק גישה למסדי נתונים. כל מודול
אשר מנוי לממשק Bio::DB::BioSeqI ניתן להשתמש כאן. עבור קובץ שטוח
אינדקסים, הדבר נעשה בצורה הטובה ביותר על ידי הרחבת Bio::Index::Abstract, כפי שנעשה ב
Bio::Index::EMBL ו- Bio::Index::Fasta. כדי לגשת למסדי נתונים אחרים תצטרכו
גלגל את הממשק שלך.
עבור פורמטי פלט חדשים, עליך להוסיף מודול SeqIO חדש. הדבר הקל ביותר הוא לחפש
ב-Bio::SeqIO::Fasta ותגלו איך לפרוץ את זה לפורמט משלכם (תקראו לזה משהו אחר
שונה כמובן).
מָשׁוֹב
תפוצה רשימות
משוב משתמשים הוא חלק בלתי נפרד מההתפתחות של מודול זה ושל מודולים אחרים של ביופרל. לִשְׁלוֹחַ
ההערות וההצעות שלך רצוי לרשימת התפוצה של ביופרל. השתתפותך
מוערך מאוד.
[מוגן בדוא"ל] - דיון כללי
http://bioperl.org/wiki/Mailing_lists - לגבי רשימות התפוצה
דווח באגס
דווח על באגים למערכת מעקב באגים ביופרל כדי לעזור לנו לעקוב אחר הבאגים ושלהם
פתרון הבעיה. ניתן להגיש דוחות באגים דרך האינטרנט:
https://github.com/bioperl/bioperl-live/issues
השתמש ב- bp_fetchp באופן מקוון באמצעות שירותי onworks.net
