bp_papplmaker.plp - מקוון בענן

תָכְנִית:

שֵׁם

paplmaker.PLS - מחולל מודול כלי ניתוח

תַקצִיר

# לקבל קצת עזרה
paplmaker.PLS -h

# צור מודול עבור התוכנית 'seqret'
paplmaker.PLS -n edit.seqret

# דומה, אבל ציין היכן למצוא 'seqret'
paplmaker.PLS -n edit::seqret
-l http://localhost:8080/axis/services

# דומה, אבל ציין שיטת גישה שאינה ברירת מחדל ל-'seqret'
paplmaker.PLS -n edit::seqret
-l http://corba.ebi.ac.uk/IOR/Analyses.ref
-קורבה

# צור מודולים עבור כל הניתוחים הזמינים
# (באמצעות מיקום ברירת מחדל ושיטת גישה כברירת מחדל)
paplmaker.PLS

# אל תיצור אלא תראה מה יווצר
paplmaker.PLS -s
paplmaker.PLS -S

# צור מודול לניתוח 'edit::seqret'
# אבל תן לזה 'MySeqret'
paplmaker.PLS -n edit::seqret -m MySeqret

# ... ולהשתמש בו
השתמש ב-MySeqret;
הדפס חדש MySeqret->sequence_direct_data ('tatatacccgt')
->osformat ('embl')
->חכה_ל
->outseq;

# דומה אבל שים את התוצאה בספרייה '/tmp/my'
# (ספריות לא צריכות להיות קיימות)
paplmaker.PLS -n edit::seqret -m MySeqret -d /tmp/my/

# ליצור מודולים עבור כל הניתוחים ששמותיהם
# התאמות שקיבלו ביטוי רגולרי (לא תלוי רישיות)
paplmaker.PLS -r 'ערוך'

# דומה, אבל מודול שנוצר שם עם שמות משלך
# (לתת ל-papplmaker.PLS להחליף חלקים מהשמות שלך)
paplmaker.PLS -r 'edit' -m 'My_$ANALYSIS'

תיאור

המודול "Bio::Tools::Run::Analysis" מספק גישה לניתוח המקומי והמרוחק
כלים בצורה אחידה (מוגדר ב"Bio::AnalysisI"). המודול משתמש בגישה כללית
המאפשר להגדיר נתוני קלט שרירותיים ולאחזר תוצאות על ידי מתן שמות. למרות זאת,
לפעמים נוח יותר להשתמש במודול ספציפי, המייצג כלי ניתוח אחד,
שכבר יודע על שמות קלט ותוצאות זמינים.

המחולל "papplmaker.PLS" יוצר מודולים ייעודיים כאלה.

"papplmaker.PLS" משתמש באותה שיטת גישה כמו המודול הכללי - מה שאומר ש
בהתאם לפרמטר "גישה" הוא יכול להשתמש ב-SOAP, CORBA או כל אחר (נתמך)
פרוטוקול, או שהוא יכול לגשת לניתוח מקומי (זמין באותו מחשב שבו
"papplmaker.PLS" מופעל).

"papplmaker.PLS" עושה את עבודתו גם עבור ניתוח אחד בשם (המצוין על ידי אפשרות "-n",
או שהוא משתמש במודול "Bio::Tools::Run::AnalysisFactory" כדי למצוא מהן ניתוחים
זמינים, ויכולים להגביל את מספרם על ידי התאמה מול ביטוי רגיל שניתן על ידי
האפשרות "-r".

המודול או המודולים שנוצרו נקראים כברירת מחדל בדומה לשמות של
ניתוחים תואמים, אך ניתן לשנות זאת על ידי האפשרות "-m" שהיא למעשה a
תבנית שבה המחרוזות הבאות מזוהות ומוחלפות:

$ANALYSIS או ${ANALYSIS}
יוחלף בשם הניתוח.

$CATEGORY או ${CATEGORY}
יוחלף בשם הקטגוריה שאליה שייך הניתוח.

$SERVICE או ${SERVICE}
יוחלף בשם המלא של השירות (שזה בדרך כלל שרשור
של קטגוריה ושם ניתוח, והוא משמש גם כשם מודול ברירת מחדל, אגב).

מה ההבדל בין ה"שירות" ל"ניתוח", ומה המשמעות של "קטגוריה"?
לפעמים מונחים אלה עשויים להיות מבלבלים כי הם עשויים לומר דברים שונים במקצת
בהתאם לשיטת הגישה המשמשת לתקשורת איתם. בדרך כלל, "ניתוח" הוא
תוכנית (יישום, כלי) פועלת איפשהו, אבל לפעמים על מכונה מקומית. א
דוגמה לניתוח היא "seqret" (מחבילת EMBOSS). ניתן לקבץ את הניתוחים
לקטגוריות לפי הפונקציות שלהם או לפי סוג הנתונים שהם עוסקים בהם (אבל לפעמים שם
אינם קטגוריות כלל). ניתן לגשת לכל ניתוח באמצעות רמה גבוהה יותר של
הפשטה, "שירות". שירות הוא בדרך כלל מעטפת תלוית פרוטוקול, כגון אינטרנט
שירות, או שירות CORBA. למשל יש שירות "edit::seqret" אשר
מייצג ניתוח "seqret" בקטגוריה "עריכה".

מָשׁוֹב

תפוצה רשימות
משוב משתמשים הוא חלק בלתי נפרד מההתפתחות של מודול זה ושל מודולים אחרים של ביופרל. לִשְׁלוֹחַ
ההערות וההצעות שלך רצוי לרשימת התפוצה של ביופרל. השתתפותך
מוערך מאוד.

[מוגן בדוא"ל] - דיון כללי
http://bioperl.org/wiki/Mailing_lists - לגבי רשימות התפוצה

דווח באגס
דווח על באגים למערכת מעקב באגים ביופרל כדי לעזור לנו לעקוב אחר הבאגים ושלהם
פתרון הבעיה. ניתן להגיש דוחות באגים דרך האינטרנט:

http://redmine.open-bio.org/projects/bioperl/

השתמש ב-bp_papplmaker.plp באינטרנט באמצעות שירותי onworks.net