זוהי הפקודה bp_search2alnblocksp שניתן להפעיל בספק האחסון החינמי של OnWorks באמצעות אחת מתחנות העבודה המקוונות המרובות שלנו, כגון Ubuntu Online, Fedora Online, אמולטור מקוון של Windows או אמולטור מקוון של MAC OS
תָכְנִית:
שֵׁם
bp_search2alnblocks - הפוך דוחות ניתנים לניתוח של SearchIO לקבוצה של בלוקים מיושרים
תַקצִיר
bp_search2alnblocks --minid PERCENTID --minlen LEN --minevalue EVALUE file1.
blast file2.blast ...> out.fas
תיאור
סקריפט זה ינתח ויסנן פלט BLAST (או פורמטים אחרים Bio::SearchIO יכול לנתח).
ולעצב את היישור כבלוקים של יישורים המבוססים על ה-HSPs. שימו לב זה יכול רק
תעבוד אם קובץ הקלט שמנותח מכיל את הדרוש.
בדרך כלל זה יכול לשמש כדי להפוך פלט BLAST לפורמט יישור FASTA עבור קלט
לתוך מאתר הגנים ההשוואתי של QRNA לגנים של RNA (E.Rivas).
אפשרויות
--maxevalue ערך E-מקסימלי עבור HSP
--minevalue ערך E-מינימלי עבור HSP
--minlen אורך מינימלי של HSP [ברירת מחדל 0]
--maxid מקסימום אחוז מזהה [ברירת מחדל 100]
(כדי לעזור להסיר רצפים שהם ממש קרובים)
--minid מינימום אחוז זהות עבור HSP [ברירת מחדל 0]
-i/--input שם קובץ קלט אופציונלי (מצפה לקלט ב-STDIN כברירת מחדל)
-o/--output שם קובץ פלט אופציונלי (מייצא ל-STDOUT כברירת מחדל)
-f/--format ציין פורמט אחר של יישור חיפוש-
{fasta, axt, waba, blast, blastxml} כולם מותרים
למרות שהפורמט חייב להיות יישור בפועל
רצף כדי שהתסריט הזה יעבוד
ראה ל למידע נוסף.
-of/--outformat פורמט פלט עבור בלוקי היישור, כל דבר
ל תומך.
-v/--verbose הפעל איתור באגים
AUTHOR - ג'ייסון סטג'יץ'
ג'ייסון סטג'יץ', jason-at-bioperl-dot-org.
השתמש ב-bp_search2alnblocksp באינטרנט באמצעות שירותי onworks.net
