זוהי הפקודה bp_sreformatp שניתן להריץ בספק האירוח החינמי של OnWorks באמצעות אחת מתחנות העבודה המקוונות המרובות שלנו, כגון Ubuntu Online, Fedora Online, אמולטור מקוון של Windows או אמולטור מקוון של MAC OS
תָכְנִית:
שֵׁם
bpsreformat - המרת פורמטים של רצף
תיאור
סקריפט זה משתמש במערכת SeqIO המאפשרת המרה של פורמטים של רצף
נתוני רצף או נתוני יישור רצף מרובים. השם בא מהעובדה ששון
ה-sreformat של התוכנית של Eddy (חלק מה-HMMER pkg) כבר עושה זאת. התוכנית של שון מנסה
כדי לנחש את פורמטי הקלט בעוד שבקוד שלנו אנו דורשים כעת לציין מה ה
פורמטים של קלט ופלט הם ואם הנתונים הם מיישור רצף מרובה או מ
קבצי רצף ישרים.
נוֹהָג:
bpsreformat -if INFORMAT -of OUTFORMAT -i FILENAME -o output.FORMAT
-h/--help הדפס עזרה זו
-if/--informat ציין את פורמט הקלט
-of/--outformat ציין את פורמט הפלט
-i/--input ציין את שם קובץ הקלט
(כדי להעביר נתונים על STDIN השתמש בסימן מינוס כשם הקובץ)
-o/--output ציין את שם קובץ הפלט
(כדי להעביר נתונים על STDOUT השתמש בסימן מינוס כשם הקובץ)
--msa ציין שמדובר בנתוני יישור מרובים
--special יעביר פרמטרים מיוחדים ל-AlignIO/SeqIO
אובייקט -- רובם מיועדים לאובייקטי Bio::AlignIO
רשימה מופרדת בפסיקים של הדברים הבאים
nointerleaved -- עבור phylip, פורמט לא-interleaved
idlinebreak -- עבור phylip, הופך אותו לפורמט מולפי
אחוזים -- עבור clustalw, הצג מזהה % לכל שורה
השתמש ב-bp_sreformatp באופן מקוון באמצעות שירותי onworks.net
