ClonalFrame - מקוון בענן

תָכְנִית:

שֵׁם

ClonalFrame - הסקה של מיקרו-אבולוציה של חיידקים באמצעות נתוני רצף רב-לוקוסים

תַקצִיר

ClonalFrame [OPTIONS] קובץ פלט של קובץ קלט

תיאור

ClonalFrame מזהה את היחסים המשובטים בין חברי המדגם, while
גם הערכת המיקום הכרומוזומלי של אירועי רקומבינציה הומולוגיים שיש להם
שיבשו את הירושה המשובטת.

אפשרויות:

-x NUM מגדיר את מספר האיטרציות לאחר הצריבה (ברירת המחדל היא 50000)

-y NUM מגדיר את מספר איטרציות הצריבה (ברירת המחדל היא 50000)

-z NUM מגדיר את מספר האיטרציות בין דגימות (ברירת המחדל היא 100)

-e NUM מגדיר את מספר המהלכים להחלפת ענפים בכל איטרציות (ברירת המחדל היא כך שחצי מ
הזמן מושקע בהחלפת סניפים)

-m NUM מגדיר את הערך ההתחלתי של תטא ל-NUM (ברירת המחדל היא אומדן ווטרסון)

-d NUM מגדיר את הערך ההתחלתי של דלתא ל-NUM (ברירת המחדל היא 0.001)

-n NUM מגדיר את הערך ההתחלתי של nu ל-NUM (ברירת המחדל היא 0.01)

-r NUM מגדיר את הערך ההתחלתי של R ל-NUM (ברירת המחדל היא תטא/10 ראשונית)

-M תעדכן את הערך של תטא

-D אל תעדכן את הערך של דלתא

-N אל תעדכן את הערך של nu

-R אל תעדכן את הערך של R

-T אל תעדכן את הטופולוגיה

-A אל תעדכן את גילאי הצמתים

-G הסר את כל הפערים

-H הסר את כל הפערים במיקומים שאינם פולימורפיים

-t NUM ציין באיזה עץ ראשוני להשתמש: 0 עבור עץ ריק, 1 עבור עץ שנבחר באופן אחיד
עץ מתלכד ו-2 עבור עץ UPGMA (ברירת מחדל)

-w קובץ
השתמש בקובץ Newick עבור העץ הראשוני

-a NUM מגדיר את הפרמטר הראשון של התפלגות הביטא הקודמת של nu

-b NUM מגדיר את הפרמטר השני של התפלגות הביטא הקודמת של nu

-U השתמש פרירים אחידים עבור rho, תטא ודלתא

-B הפעל במצב BURST

-C הפעל במצב UPGMA עם הליך אתחול באתר אחר

-c הפעל במצב UPGMA עם הליך אתחול של חלק אחר חלק

-S NUM מגדיר את המקור עבור מחולל המספרים האקראיים ל-NUM

-E NUM מגדיר את קצב הצמיחה האקספוננציאלית (ברירת המחדל היא 0)

-I מתעלם מהגוש הראשון ביישור

-L נקה את היישור לפני הפעלת ClonalFrame

-l מרחק מינימלי בין שני אתרי התייחסות (ברירת המחדל היא 50)

-v מצב מילולי

השתמש ב- ClonalFrame באינטרנט באמצעות שירותי onworks.net