cmfetch - מקוון בענן

תָכְנִית:

שֵׁם

cmfetch - אחזר מודל(ים) של שיתוף פעולה מקובץ

תַקצִיר

cmfetch [אפשרויות]
(מחזיר CM בשם )

cmfetch -f [אפשרויות]
(מאחזר את כל ה-CMs הרשומים ב )

cmfetch --אינדקס [אפשרויות]
(אינדקסים להבאה)

תיאור

מאחזר CM אחד או יותר מ- (מסד נתונים גדול של Rfam, למשל).

כדי לאפשר אחזור מהיר מאוד, אינדקס את ה ראשית, באמצעות cmfetch --אינדקס. המדד
הוא קובץ בינארי בשם .ssi.

מצב ברירת המחדל הוא לאחזר CM בודד לפי שם או גישה, הנקרא . בעד
דוּגמָה:

% cmfetch Rfam.cm tRNA
% cmfetch Rfam.cm RF00005

עם -f אפשרות, א המכיל רשימה של מפתח אחד או יותר נקרא במקום זאת.
השדה הראשון המופרד ברווחים לבנים בכל שורה שאינה ריקה של הערות
משמש כ , ומתעלמים מכל הנתונים שנותרו על הקו. זה מאפשר מגוון
של קבצי נתונים מופרדים ברווחים לבנים שישמשו כ ס.

כשמשתמש -f וכן , if נוספה לאינדקס, המפתחות מאוחזרים ב-
סדר שהם מתרחשים ב , אבל אם אינו מתווסף, מפתחות מאוחזרים ב
הסדר שהם מתרחשים ב . זוהי תופעת לוואי של יישום זה
מאפשרת שליפת מפתחות מרובים גם אם הוא זרם שאינו ניתן לאחור, כמו
צינור כניסה סטנדרטי.

בשימוש רגיל (ללא --אינדקס or -f אפשרויות), עשוי להיות '-' (מקף), שפירושו
קריאת קלט מ סטדין במקום קובץ. עם ה --אינדקס אוֹפְּצִיָה, אולי לא
'-'; זה לא הגיוני לאינדקס זרם קלט סטנדרטי. עם ה -f אפשרות, גם כן
or (אך לא שניהם) עשויים להיות '-'. לעתים קרובות זה שימושי במיוחד לקריאה
מקלט רגיל, מכיוון שזה מאפשר שימוש בשורת פקודה שרירותית
קריאות ליצירת רשימה של שמות CM או כניסות, ואז להביא את כולם לקובץ חדש,
רק בפקודה אחת.

כברירת מחדל, ה-CM מודפס לפלט סטנדרטי בפורמט Infernal-1.1.

אפשרויות

-h עֶזרָה; הדפס תזכורת קצרה לגבי השימוש בשורת הפקודה וכל האפשרויות הזמינות.

-f הארגומנט השני של שורת הפקודה הוא א במקום סינגל . אל האני
השדה הראשון בכל שורה של משמש כאחזור (שם CM
או הצטרפות). קווים ריקים ושורות הערה (שמתחילים בתו #) הם
התעלם.

-o פלט CM(s) לקובץ במקום לפלט סטנדרטי.

-O פלט CM(ים) לקובץ/ים בודדים בשם במקום פלט רגיל. עם ה
-f אפשרות, זה יכול לגרום ליצירת קבצים רבים.

--אינדקס
במקום לאחזר פרופיל אחד או יותר מ , אינדקס ה ל
אחזורים עתידיים. זה יוצר א .ssi קובץ אינדקס בינארי.

השתמש ב-cmfetch באינטרנט באמצעות שירותי onworks.net