cmscan - מקוון בענן

תָכְנִית:

שֵׁם

cmscan - רצף/ים של חיפוש מול מסד נתונים של מודל שיתופיות

תַקצִיר

cmscan [אפשרויות]

תיאור

cmscan משמש לחיפוש רצפים מול אוספים של מודלים שיתופיות. לכל אחד
רצף ב , השתמש ברצף השאילתות הזה כדי לחפש במסד הנתונים היעד של CMs
, ופלט רשימות מדורגות של CMs עם ההתאמות המשמעותיות ביותר ל-
סדר פעולות.

השמיים עשוי להכיל יותר מרצף שאילתות אחד. זה יכול להיות בפורמט FASTA, או
עוד כמה פורמטים נפוצים של קבצי רצף (genbank, embl, ובין היתר), או ב
פורמטים של קבצי יישור (stockholm, fasta aligned ואחרים). ראה את --qformat אוֹפְּצִיָה
לרשימה מלאה.

השמיים צריך ללחוץ באמצעות cmpress לפני שניתן לחפש איתו cmscan. זֶה
יוצר ארבעה קבצים בינאריים, בסיומת .i1{fimp}. בנוסף, בטח היה
מכויל לערכי E עם cmcalibrate לפני שלחצו עליו cmpress.

השאילתה יכול להיות '-' (תו מקף), ובמקרה זה רצפי השאילתה הם
לקרוא מתוך א צינור במקום מקובץ. ה לא ניתן לקרוא מא
stream, כי הוא צריך שיהיו לו ארבעת קבצי עזר בינאריים שנוצרו על ידי cmpress.

פורמט הפלט מתוכנן להיות קריא לאדם, אבל הוא לעתים קרובות כל כך רחב עד כדי כך
הקריאה בו אינה מעשית, ולנתח אותו הוא כאב. ה --טבלוט אפשרות שומרת פלט ב-a
פורמט טבלאי פשוט שהוא תמציתי וקל יותר לניתוח. ה -o האפשרות מאפשרת
ניתוב מחדש של הפלט הראשי, כולל השלכתו ב-/dev/null.

cmscan בוחן מחדש את קצה 5' ו-3' של רצפי מטרה באמצעות אלגוריתמים מיוחדים
לזיהוי של קטום להיטים, באיזה חלק מקצה 5' ו/או 3' של המלא בפועל
רצף הומולוגי באורך חסר בקובץ רצף היעד. להיטים מסוג זה
יהיה הנפוץ ביותר בקבצי רצף המורכבים מקריאות רצף לא מורכבות. על ידי
ברירת מחדל, כל פגיעה קטומה של 5' נדרשת לכלול את השארית הראשונה של המטרה
רצף שהוא נובע ממנו , וכל פגיעה קטומה של 3' נדרשת לכלול את
שארית סופית של רצף המטרה שממנו הוא נובע. כל פגיעה קטומה של 5' ו-3' חייבת
כוללים את השארית הראשונה והאחרונה של רצף המטרה שממנו הוא נובע. ה --anytrunc
אופציה תרפה את הדרישות להכללת היט של נקודות קצה ברצף, וקטועה
מותר להיטים להתחיל ולעצור בכל מיקום של רצפי מטרה. חשוב
אמנם, עם --anytrunc, ערכי פגע E יהיו פחות מדויקים מכיוון שכיול מודל כן
אל תשקול את האפשרות של פגיעות קטומות, אז השתמש בזה בזהירות. ה --notrunc
ניתן להשתמש באפשרות כדי לבטל את זיהוי הפגיעה הקטועה. --notrunc יקטין את הריצה
זמן cmscan, המשמעותי ביותר עבור היעד קבצים הכוללים קצרים רבים
רצפים. זיהוי פגיעה קטועה כבוי אוטומטית כאשר --מקסימום, --נוממ,
--qdb, or --לא רצועות משתמשים באפשרויות מכיוון שהיא מסתמכת על השימוש ב-HMM מואץ
אסטרטגיית יישור פסים שנכבה על ידי כל אחת מהאפשרויות הללו.

אפשרויות

-h עֶזרָה; הדפס תזכורת קצרה לגבי השימוש בשורת הפקודה וכל האפשרויות הזמינות.

-g הפעל את גלוקאלי אלגוריתם יישור, גלובלי ביחס למודל השאילתה ו
מקומי ביחס למסד הנתונים היעד. כברירת מחדל, היישור המקומי
נעשה שימוש באלגוריתם שהוא מקומי ביחס הן לרצף היעד והן ל-
דֶגֶם. במצב מקומי, היישור שיתפרש על פני שתי רצפי משנה או יותר במידת הצורך
(למשל אם המבנים של מודל השאילתה ורצף היעד הם חלקיים בלבד
משותף), המאפשר להכנסות ומחיקות גדולות מסוימות במבנה
נענש אחרת מאשר אינדלס רגיל. מצב מקומי מתפקד טוב יותר באמפיריות
מדדים והוא רגיש יותר באופן משמעותי לזיהוי הומולוגיה מרחוק.
מבחינה אמפירית, חיפושים גלוקליים מחזירים הרבה פחות התאמות מחיפושים מקומיים, כל כך גלוקליים
עשוי להיות רצוי עבור יישומים מסוימים.

-Z חשב ערכי E כאילו היה גודל שטח החיפוש מגה-בסיסים (Mb). בלי ה
שימוש באפשרות זו, גודל שטח החיפוש משתנה עבור כל רצף שאילתה, זהו
מוגדר כאורך רצף השאילתה הנוכחי כפול 2 (מכיוון ששני הגדילים
של הרצף יבוצע חיפוש) כפול מספר ה-CMs ב .

--devhelp
הדפס עזרה, כמו עם -h , אך כוללים גם אפשרויות מומחים שאינן מוצגות
עם -h . אפשרויות מומחים אלו אינן צפויות להיות רלוונטיות עבור הענפים
רוב המשתמשים ולכן אינם מתוארים בדף המדריך. המשאבים היחידים
כדי להבין מה הם עושים בפועל הם פלט התיאורים הקצרים בשורה אחת
מתי --devhelp מופעל, וקוד המקור.

אפשרויות עבור שליטה תפוקה

-o הפנה את הפלט הראשי הניתן לקריאה על ידי אדם לקובץ במקום ברירת המחדל stdout.

--טבלוט
שמור קובץ טבלאי פשוט (מופרד ברווח) המסכם את ההיטים שנמצאו, עם אחד
שורת נתונים לכל התאמה. הפורמט של קובץ זה מתואר במשתמש Infernal
להנחות.

--acc השתמש בהצטרפות במקום בשמות בפלט הראשי, כאשר זמין עבור פרופילים
ו/או רצפים.

--נואלי
השמט את קטע היישור מהפלט הראשי. זה יכול להפחית מאוד את התפוקה
נפח.

--notextw
ללא הגבלה לאורך כל שורה בפלט הראשי. ברירת המחדל היא מגבלה של 120
תווים לשורה, מה שעוזר בהצגת הפלט בצורה נקייה על מסופים ו
בעורכים, אבל יכול לקצץ שורות תיאור של פרופיל יעד.

--textw
הגדר את מגבלת אורך הקו של הפלט הראשי ל תווים לכל שורה. ברירת המחדל היא
120.

--מִלוּלִי
כלול נתונים סטטיסטיים נוספים של צינור החיפוש בפלט הראשי, כולל מסנן
נתונים סטטיסטיים על הישרדות עבור זיהוי פגע קטוע ומספר המעטפות שהושלכו
עקב הצפת גודל המטריצה.

אפשרויות שליטה דיווח ספיח

ספי דיווח קובעים אילו כניסות ידווחו בקובצי הפלט (הפלט הראשי ו
--tblout) כניסות מדורגות לפי מובהקות סטטיסטית (E-value). כברירת מחדל, כל ההיטים
עם ערך E <= 10 מדווחים. האפשרויות הבאות מאפשרות לך לשנות את ברירת המחדל
ספי דיווח של ערך אלקטרוני, או להשתמש בספי ניקוד סיביות במקום זאת.

-E בפלט לכל יעד, דווח על רצפי יעד עם ערך E של <= . השמיים
ברירת המחדל היא 10.0, כלומר, בממוצע, ידווחו כ-10 תוצאות חיוביות שגויות
לכל שאילתה, כך שתוכל לראות את החלק העליון של הרעש ולהחליט בעצמך אם זה
ממש רעש.

-T במקום להגדיר פלט לכל CM על ערך E, דווח על רצפי יעד עם א
ציון סיביות של >= .

אפשרויות עבור הַכלָלָה ספיח

ספי ההכללה מחמירים יותר מאשר ספי הדיווח. שליטה בספי הכללה
אילו כניסות נחשבות אמינות מספיק כדי להיכלל בהבאה אפשרית
סבב חיפוש, או מסומן כמשמעותי ("!") בניגוד למפוקפק ("?") בהיט
פלט.

--incE
השתמש בערך E של <= כסף הכללת היט. ברירת המחדל היא 0.01,
כלומר, בממוצע צפויה להיות חיובית כוזבת אחת מכל 1
חיפושים עם רצפי שאילתות שונים.

--incT
במקום להשתמש ב-E-values ​​לקביעת סף ההכללה, במקום להשתמש ב-bit
ציון של >= כסף הכללת היט. כברירת מחדל אפשרות זו אינה מוגדרת.

אפשרויות עבור דגם ספציפי SCORE סף

מסדי נתונים של CM שנאספו עשויים להגדיר ספי ניקוד סיביות ספציפיים עבור כל CM, ומחליפים כל אחד
סף המבוסס על מובהקות סטטיסטית בלבד.

כדי להשתמש באפשרויות אלה, הפרופיל חייב להכיל את המתאים (GA, TC ו/או NC)
הערת סף ציון אופציונלית; זה נאסף על ידי cmbuild מפורמט שטוקהולם
קבצי יישור. לכל אפשרות סף יש ציון של ביטים, ומתנהג כאילו -T
--incT הוחל במיוחד תוך שימוש בספים שנאספו של כל דגם.

--cut_ga
השתמש בציוני הסיביות של GA (איסוף) במודל כדי להגדיר דיווח והכללה של התאמות
ספים. ספי GA נחשבים בדרך כלל כאצור האמין
ספים המגדירים חברות משפחתית; למשל, ברפ"ם, הספים הללו
הגדירו מה ייכלל ביישורי Rfam Full בהתבסס על חיפושים עם Rfam Seed
מודלים.

--cut_nc
השתמש בספי ציון הסיביות NC (ניתוק רעש) במודל כדי להגדיר דיווח על פגע
וספי הכללה. ספי NC נחשבים בדרך כלל לציון של
ה-false positive הידוע עם הציון הגבוה ביותר.

--cut_tc
השתמש בספי ציון הסיביות של TC (Trusted cutoff) במודל כדי להגדיר דיווח על היט
וספי הכללה. ספי TC נחשבים בדרך כלל לציון של
התוצאה החיובית האמיתית בעלת הניקוד הנמוך ביותר, והיא מעל לכל תוצאות חיוביות שגויות ידועות.

אפשרויות שליטה LA תאוצה צנרת

חיפושי Infernal 1.1 מואצים בצינור סינון בן שישה שלבים. חמשת הראשונים
שלבים משתמשים בפרופיל HMM כדי להגדיר מעטפות המועברות לשלב שש CM CYK
לְסַנֵן. לכל מעטפות ששורדות את כל המסננים מוקצים ציונים סופיים באמצעות ה-CM
אלגוריתם פנימי.

מסנן הפרופיל HMM נבנה על ידי cmbuild תוכנית ומאוחסן ב .

כל מסנן עוקב הוא איטי יותר מהקודם, אבל טוב ממנו
הבחנה בין תתי-רצפים שעשויים להכיל להיטים של CM עם ניקוד גבוה לבין אלו שכן
לֹא. שלושת שלבי הסינון הראשונים של HMM זהים לאלו המשמשים ב-HMMER3. שלב 1 (F1)
הוא מסנן HMM SSV המקומי ששונה עבור רצפים ארוכים. שלב 2 (F2) הוא ה-HMM המקומי
מסנן ויטרבי. שלב 3 (F3) הוא מסנן HMM Forward המקומי. כל אחד משלושת הראשונים
stages משתמש בפרופיל HMM במצב מקומי, המאפשר ליישר רצף יעד
כל אזור של HMM. שלב 4 (F4) הוא מסנן HMM גלוקלי, הדורש מטרה
המשך ליישור לפרופיל באורך מלא HMM. שלב 5 (F5) הוא ה-HMM הגלוקלי
מסנן הגדרת מעטפה, המשתמש בהורסיטיות זיהוי התחום של HMMER3 כדי להגדיר
גבולות המעטפה. לאחר כל שלב מ-2 עד 5, שלב סינון הטיה (F2b, F3b, F4b, ו
F5b) משמש להסרת רצפים שנראה כי עברו את המסנן עקב מוטה
הרכב לבד. כל המעטפות ששורדות את השלבים F1 עד F5b מועברות איתה
מסנן CM CYK המקומי. מסנן CYK משתמש באילוצים (להקות) הנגזרות מ-HMM
יישור המעטפה כדי להפחית את מספר החישובים הנדרשים ולחסוך זמן.
כל המעטפות שעוברות את CYK מקבלות ניקוד עם האלגוריתם המקומי CM Inside, שוב באמצעות HMM
פסים להאצה.

ספי הסינון המוגדרים כברירת מחדל המגדירים את הציון המינימלי הנדרש עבור רצף משנה ל
לשרוד כל שלב מוגדרים על סמך גודל מרחב החיפוש (Z), המוגדר
כאורך רצף השאילתה הנוכחי כפול 2 (מכיוון ששני הגדילים יהיו
חיפוש) כפול מספר הפרופילים ב . עם זאת, אם אחת מהן -Z or --FZ
נעשה שימוש באפשרויות ואז שטח החיפוש ייחשב ככזה למטרות של
הגדרת ספי המסנן.

עבור מסדי נתונים גדולים יותר, המסננים קפדניים יותר מה שמוביל ליותר האצה אבל
פוטנציאל אובדן גדול יותר של רגישות. הרציונל הוא שעבור מסדי נתונים גדולים יותר,
להיטים חייבים להיות ציונים גבוהים יותר כדי להשיג מובהקות סטטיסטית, לכן סינון מחמיר יותר
שמסיר פגיעות לא משמעותיות עם ניקוד נמוך יותר מקובל.

ערכי ה-P עבור כל גדלי מרחב החיפוש האפשריים וכל שלבי הסינון הם
רשום הבא. (סף ערך P של 0.01 אומר שכ-1% מהניקוד הגבוה ביותר
רצף לא הומולוגי צפוי לעבור את המסנן.) Z מוגדר כמספר של
נוקלאוטידים בקובץ רצף המטרה המלא פעמים 2 כי שני הגדילים יהיו
חיפשו עם כל דגם.

אם Z קטן מ-2 Mb: F1 הוא 0.35; F2 ו-F2b כבויים; F3, F3b, F4, F4b ו-F5 הם 0.02;
F6 הוא 0.0001.

אם Z הוא בין 2 Mb ל-20 Mb: F1 הוא 0.35; F2 ו-F2b כבויים; F3, F3b, F4, F4b ו-F5
הם 0.005; F6 הוא 0.0001.

אם Z הוא בין 20 Mb ל-200 Mb: F1 הוא 0.35; F2 ו-F2b הם 0.15; F3, F3b, F4, F4b ו-F5
הם 0.003; F6 הוא 0.0001.

אם Z הוא בין 200 Mb ל-2 Gb: F1 הוא 0.15; F2 ו-F2b הם 0.15; F3, F3b, F4, F4b, F5,
ו-F5b הם 0.0008; ו-F6 הוא 0.0001.

אם Z הוא בין 2Gb ל-20Gb: F1 הוא 0.15; F2 ו-F2b הם 0.15; F3, F3b, F4, F4b, F5, ו
F5b הם 0.0002; ו-F6 הוא 0.0001.

אם Z הוא יותר מ-20 Gb: F1 הוא 0.06; F2 ו-F2b הם 0.02; F3, F3b, F4, F4b, F5 ו-F5b
הם 0.0002; ו-F6 הוא 0.0001.

ערכי סף אלו נבחרו על סמך ביצועים על בסיס אמת מידה פנימי שבדק רבים
הגדרות אפשריות שונות.

ישנן חמש אפשרויות לשליטה ברמת הסינון הכללית. אפשרויות אלה הן, ב
סדר מהפחות קפדני (האיטי אבל הכי רגיש) להכי קפדני (המהיר אבל הכי פחות
רָגִישׁ): --מקסימום, --נוממ, --בֵּינוֹנִי, --בְּרִירַת מֶחדָל, (זוהי הגדרת ברירת המחדל) --rfam. ו
- באופן כללי. עם --בְּרִירַת מֶחדָל ספי המסנן יהיו תלויים בגודל מסד הנתונים. ראה את
הסבר על כל אחת מהאפשרויות הנפרדות הללו למטה למידע נוסף.

בנוסף, משתמש מומחה יכול לשלוט במדויק על כל סף ניקוד בשלב הסינון באמצעותו
מה היא --F1, --F1b, --F2, --F2b, --F3, --F3b, --F4, --F4b, --F5, --F5b, ו --F6 אפשרויות. כפי ש
כמו כן להפעיל או לכבות כל שלב עם --noF1, --doF1b, --noF2, --noF2b, --noF3,
--noF3b, --noF4, --noF4b, --noF5, ו --noF6. אפשרויות. אפשרויות אלו מוצגות רק
אם --devhelp אפשרות משמשת כדי לשמור את מספר האפשרויות המוצגות עם -h
סבירים, ומכיוון שהם צפויים להיות שימושיים רק למיעוט קטן של משתמשים.

כמקרה מיוחד, עבור כל הדגמים ב שיש להם אפס זוגות בסיס, פרופיל HMM
חיפושים מופעלים במקום חיפושי CM. אלגוריתמי HMM יעילים יותר מ-CM
אלגוריתמים, והתועלת של אלגוריתמי CM אובדת עבור דגמים ללא משני
מבנה (אפס זוגות בסיס). חיפושי HMM פרופילים אלה יפעלו מהר יותר מאשר
החיפושים של ה-CM. אתה יכול לאלץ חיפושים של HMM בלבד עם ה - באופן כללי אוֹפְּצִיָה. לעוד
מידע על חיפושים של HMM בלבד, עיין במדריך למשתמש.

--מקסימום כבה את כל המסננים והפעל את Inside ללא פסים על כל מטרה באורך מלא
סדר פעולות. זה מגביר במידת מה את הרגישות, במחיר גבוה במיוחד במהירות.

--נוממ
כבה את כל שלבי הסינון של HMM (F1 עד F5b). מסנן CYK, באמצעות QDBs, יעשה זאת
יופעל על כל רצף מטרה באורך מלא ויאכוף סף ערך P של
0.0001. כל רצף משנה שישרוד את CYK יועבר ל-Inside, שיעשה זאת
השתמש גם ב-QDBs (אבל סט רופף יותר). זה מגביר במידת מה את הרגישות, ברמה מאוד גבוהה
עלות גדולה במהירות.

--בֵּינוֹנִי כבה את שלבי הסינון HMM SSV ו-Viterbi (F1 עד F2b). הגדר את ה-HMM שנותר
ספי סינון (F3 עד F5b) ל-0.02 כברירת מחדל, אך ניתן לשינוי ל עם
--פמיד סדר פעולות. זה עשוי להגביר את הרגישות, במחיר משמעותי במהירות.

--בְּרִירַת מֶחדָל
השתמש באסטרטגיית הסינון המוגדרת כברירת מחדל. אפשרות זו מופעלת כברירת מחדל. המסנן
הספים נקבעים על סמך גודל מסד הנתונים.

--rfam השתמש באסטרטגיית סינון קפדנית שהוכנה עבור מסדי נתונים גדולים (יותר מ-20 ג'יגה-בייט). זֶה
יאיץ את החיפוש במחיר פוטנציאלי לרגישות.

- באופן כללי
השתמש רק בפרופיל הסינון HMM לחיפושים, אל תשתמש ב-CM. רק מסנן
שלבים F1 עד F3 יבוצעו, תוך שימוש בספים קפדניים של ערך P (0.02 עבור
F1, 0.001 עבור F2 ו-0.00001 עבור F3). בנוסף מסנן הרכב הטיה הוא
בשימוש לאחר שלב F1 (עם P=0.02 סף הישרדות). כל מכה ששורדת
כל השלבים ובעל ציון HMM E-value או ביט מעל סף הדיווח
להיות פלט. המשתמש יכול לשנות את ספי הסינון והאפשרויות של HMM בלבד
--הממF1, --הממF2, --הממF3, --הממנוביאס, --hmmnonull2, ו --מממקס. כברירת מחדל,
חיפושים אחר כל דגם עם אפס צמדי בסיס יופעלו במצב HMM בלבד. זה יכול
להיות כבוי, מה שמכריח CM חיפושים אחר דגמים אלה עם - באופן לא רגיל אוֹפְּצִיָה.

--FZ
הגדר ספי סינון כברירת מחדל בשימוש אם מסד הנתונים היה מגה-בסיסים (Mb).
אם משתמשים בו עם גדול מ-20000 (20 ג'יגה-בייט) לאפשרות זו יש את אותה השפעה כמו
--rfam.

--פמיד
עם --בֵּינוֹנִי אפשרות להגדיר את ספי מסנן HMM (F3 עד F5b) ל . By
ברירת מחדל הוא 0.02.

אחר אפשרויות

--notrunc
כבה את זיהוי הפגיעה הקטועה.

--anytrunc
אפשר להיטים קטועים להתחיל ולהסתיים בכל מיקום ברצף מטרה. על ידי
ברירת מחדל, התאמות קטומות 5' חייבות לכלול את השארית הראשונה של רצף היעד שלהן
והתאמות קטומות 3' חייבות לכלול את השארית הסופית של רצף היעד שלהן. עם
אפשרות זו תוכל לראות פחות כניסות באורך מלא המתרחבות עד ההתחלה ו
סוף השאילתה CM.

--nonull3
כבה את תיקוני הציון null3 CM עבור קומפוזיציה מוטה. התיקון הזה הוא
לא נעשה שימוש בשלבי סינון HMM.

--mxsize
הגדר את גודל מטריצת CM DP המקסימלי המותר ל מגה בייט. כברירת מחדל גודל זה
הוא 128 מגה-ביט. זה צריך להיות גדול מספיק עבור הרוב המכריע של החיפושים,
במיוחד עם דגמים קטנים יותר. אם cmsearch נתקל במעטפה ב-CYK או
בתוך שלב הדורש מטריצה ​​גדולה יותר, המעטפה תונחה מהנחה
הִתחַשְׁבוּת. התנהגות זו היא כמו מסנן נוסף שמונע יקר
(איטי) חישובי CM DP, אך במחיר פוטנציאלי לרגישות. שימו לב שאם
cmsearch מורץ פנימה חוטים מרובים במכונה מרובת ליבות ואז כל אחד
לחוט עשויה להיות מטריצה ​​מוקצית בגודל עד Mb בכל זמן נתון.

--smxsize
הגדר את גודל המטריצה ​​המקסימלית המותרת של CM חיפוש DP ל מגה בייט. כברירת מחדל
גודל זה הוא 128 מגה-ביט. אפשרות זו רלוונטית רק אם ה-CM לא ישתמש ב-HMM
מטריצות פס, כלומר אם --מקסימום, --נוממ, --qdb, --fqdb, --לא רצועות, or
--fnonbanded נעשה שימוש גם באפשרויות. שימו לב שאם cmsearch מורץ פנימה
שרשורים מרובים במכונה מרובת ליבות אז לכל חוט עשוי להיות מוקצה
מטריצה ​​של עד גודל Mb בכל זמן נתון.

--cyk השתמש באלגוריתם CYK, לא בפנים, כדי לקבוע את הניקוד הסופי של כל ההיטים.

--acyk השתמש באלגוריתם CYK כדי ליישר התאמות. כברירת מחדל, דיוק אופטימלי של דורבין/הולמס
נעשה שימוש באלגוריתם, שמוצא את היישור שממקסם את הדיוק הצפוי
של כל השאריות המיושרות.

--wcx
עבור כל CM, הגדר את הפרמטר W, האורך המרבי הצפוי של פגיעה, ל
כפול מאורך הקונצנזוס של המודל. כברירת מחדל, הפרמטר W נקרא
קובץ CM וחושב על סמך הסתברויות המעבר של המודל
by cmbuild. אתה יכול לגלות מהו ברירת המחדל W עבור דגם המשתמש cmstat. זֶה
יש להשתמש באופציה בזהירות מכיוון שהיא משפיעה על צינור הסינון במספר
שלבים שונים בדרכים לא ברורות. זה מומלץ רק למשתמשים מומחים
מחפש להיטים שהם הרבה יותר ארוכים מכל ההומולוגים ששימשו לבניית
מודל ב cmbuild, למשל כאלה עם אינטרונים גדולים או תוספות גדולות אחרות. זה
לא ניתן להשתמש בשילוב עם --נוממ, --fqdb or --qdb אפשרויות כי ב
המקרים האלה W מוגבל על ידי פסים תלויי שאילתה.

--חלק עליון בלבד
חפש רק את הגדיל העליון (ווטסון) של רצפי יעד ב . כברירת מחדל,
שני הגדילים נבדקים. זה יקצר בחצי את גודל שטח החיפוש (Z).

--למטה
חפש רק בגדיל התחתון (קריק) של רצפי היעד . By
ברירת מחדל, שני הגדילים נמצאים בחיפוש. זה יקצר בחצי את גודל שטח החיפוש (Z).

--qformat
טען שקובץ מסד הנתונים של רצף השאילתות הוא בפורמט . פורמטים מקובלים
לכלול פאסטה, embl, גנבנק, ddbj, שטוקהולם, pfam, a2m, אפא, אשכול, ו פיליפ
ברירת המחדל היא זיהוי אוטומטי של פורמט הקובץ.

--גליסט
הגדר קבוצת משנה של דגמים מ במצב יישור גלוקלי, במקום
מצב מקומי, כלומר הדגמים הרשומים בקובץ . הגדר את כל הדגמים האחרים
(אלה שלא רשומים ב ) במצב מקומי. אפשרות זו אינה תואמת -ז.
שלח חייב לרשום שמות חוקיים של דגמים מ , כל אחד מופרד על ידי כל אחד
תו רווח לבן (למשל תו חדש).

--מעבד
הגדר את מספר חוטי העבודה המקבילים ל . כברירת מחדל, Infernal מגדיר זאת
למספר ליבות המעבד שהוא מזהה במכונה שלך - כלומר, הוא מנסה
למקסם את השימוש בליבות המעבד הזמינות שלך. הגדרה גבוה מה-
מספר הליבות הזמינות הוא בעל ערך מועט אם בכלל, אבל אולי כדאי להגדיר אותו ל
משהו פחות. אתה יכול גם לשלוט במספר זה על ידי הגדרת סביבה
משתנה, INFERNAL_NCPU. אפשרות זו זמינה רק אם Infernal הידור
עם תמיכה בשרשורי POSIX. זוהי ברירת המחדל, אך ייתכן שהיא כובה ב-
זמן קומפילציה עבור האתר או המחשב שלך מסיבה כלשהי.

--דוּכָן
לאיתור באגים בגרסת המאסטר/עובד של MPI: השהה לאחר התחלה, כדי להפעיל את
מפתח כדי לצרף באגים לתהליכי המאסטר והעובדים הפועלים. לִשְׁלוֹחַ
אות SIGCONT לשחרור ההשהיה. (תחת gdb: (gdb) אוֹת SIGCONT) (רק
זמין אם תמיכת MPI אופציונלית הופעלה בזמן ההידור.)

--מפי הפעל במצב MPI master/worker, באמצעות mpirun. (זמין רק אם MPI אופציונלי
התמיכה הופעלה בזמן ההידור.)

השתמש ב-cmscan באופן מקוון באמצעות שירותי onworks.net