זוהי הפקודה compalign שניתן להפעיל בספק האירוח החינמי של OnWorks באמצעות אחת מתחנות העבודה המקוונות המרובות שלנו, כגון Ubuntu Online, Fedora Online, אמולטור מקוון של Windows או אמולטור מקוון של MAC OS
תָכְנִית:
שֵׁם
compalign - השוו שני יישורים מרובים
תַקצִיר
להתאים [-אפשרויות]
תיאור
להתאים מחשב את ה"זהות" השברית בין היישור המהימן לבין הבדיקה
יישור. שני הקבצים חייבים להכיל בדיוק את אותם רצפים, בדיוק זהים
סדר.
הזהות של יישורי הרצף המרובים מוגדרת כממוצע הזהות מעל
כל היישורים בכיוון הזוגי N(N-1)/2.
הזהות השברית של שתי קבוצות של יישור זוג מוגדר בתורה כדלקמן
(עבור רצפים ידועים מיושרים k1 ו-k2, ורצפי בדיקה מיושרים t1 ו-t2):
עמודות מותאמות / סה"כ עמודות
כאשר סך העמודות = סך כל העמודות בהן יש
סמל חוקי (nongap) ב-k1 או k2;
עמודות תואמות = מספר העמודות שבהן אחת מהעמודות
זה נכון:
ל-k1 ו-k2 יש סמלים חוקיים בעמודה נתונה; t1 ו-t2
יש את אותם סמלים מיושרים בעמודה של t1/t2
יישור;
ל-k1 יש סמל מיושר לפער ב-k2; הסמל הזה ב-t1 הוא
גם מיושר לפער;
ל-k2 יש סמל מיושר לפער ב-k1; הסמל הזה ב-t2 הוא
גם מיושר לפער.
מכיוון שציונים עבור כל הזוגות האפשריים מחושבים, האלגוריתם בסדר (N^2)L עבור
N רצפים באורך L; ערכות רצף גדולות ייקח זמן מה.
אפשרויות
אפשרויות זמינות:
-h הדפס עזרה קצרה ופרטי שימוש.
-c השווה רק תחת #=CS מבנה קונצנזוס מסומן.
--אינפורמט
ציין ששני היישורים הם בפורמט (MSF, למשל).
--שֶׁקֶט
דחק כותרת מילולית (בשימוש בבדיקות רגרסיה).
השתמש ב-comalign באינטרנט באמצעות שירותי onworks.net
