זוהי הפקודה cpgplote שניתן להפעיל בספק האירוח החינמי של OnWorks באמצעות אחת מתחנות העבודה המקוונות המרובות שלנו, כגון Ubuntu Online, Fedora Online, אמולטור מקוון של Windows או אמולטור מקוון של MAC OS
תָכְנִית:
שֵׁם
cpgplot - זהה ותווה איי CpG ברצף/ים של נוקלאוטידים
תַקצִיר
cpgplot -סדר פעולות המשך חלון מספר שלם -מינלן מספר שלם -מינו לצוף -minpc לצוף
-תיק אוסף -עלילה לְמַתֵג -גרָף xygraph -obsexp בוליאני -ג בוליאני
-מחשב בוליאני -תבוסה הישג
cpgplot עזרה
תיאור
cpgplot היא תוכנית שורת פקודה מבית EMBOSS ("האירופה מולקולרית ביולוגיה פתוחה
חבילת תוכנה"). זה חלק מקבוצת הפקודות "Nucleic:CpG Islands".
אפשרויות
קֶלֶט סעיף
-סדר פעולות המשך
דרוש סעיף
חלון מספר שלם
אחוז התוכן של CG והתדירות הנצפית של CG מחושבים בתוך a
חלון שגודלו נקבע לפי פרמטר זה. החלון מועבר למטה ברצף ו
נתונים סטטיסטיים אלה מחושבים בכל מיקום שאליו החלון מועבר. בְּרִירַת מֶחדָל
ערך: 100
-מינלן מספר שלם
זה מגדיר את האורך המינימלי שצריך להיות באי CpG לפני שהוא מדווח.
ערך ברירת מחדל: 200
-מינו לצוף
זה קובע את היחס הממוצע המינימלי שנצפה לצפוי בין C פלוס G ל-CpG בקבוצה
של 10 חלונות שנדרשים לפני דיווח על אי CpG. ערך ברירת מחדל: 0.6
-minpc לצוף
זה מגדיר את האחוז הממוצע המינימלי של G ועוד C קבוצה של 10 חלונות שהם
נדרש לפני דיווח על אי CpG. ערך ברירת מחדל: 50.
תְפוּקָה סעיף
-תיק אוסף
זה קובע את שם הקובץ שמכיל את הדוח של שם רצף הקלט, CpG
פרמטרי אי ופרטי הפלט של כל אי CpG שנמצא.
-עלילה לְמַתֵג
ערך ברירת מחדל: Y
-גרָף xygraph
-obsexp בוליאני
אם זה מוגדר כ-true אז הגרף של היחס הנצפה לצפוי של C ועוד G ל
CpG בתוך חלון מוצג. ערך ברירת מחדל: Y
-ג בוליאני
אם זה מוגדר כ-true אז הגרף של האזורים שנקבעו להיות
מוצגים איי CpG. ערך ברירת מחדל: Y
-מחשב בוליאני
אם זה מוגדר כ-true אז הגרף של האחוז C פלוס G בתוך חלון הוא
מוצגת. ערך ברירת מחדל: Y
-תבוסה הישג
קובץ עבור תכונות פלט
השתמש ב-cpgplote באינטרנט באמצעות שירותי onworks.net
