זוהי הפקודה dcmstack שניתן להפעיל בספק האירוח החינמי של OnWorks באמצעות אחת מתחנות העבודה המקוונות המרובות שלנו, כגון Ubuntu Online, Fedora Online, אמולטור מקוון של Windows או אמולטור מקוון של MAC OS
תָכְנִית:
שֵׁם
dcmstack - ממיר DICOM ל-NIfTI
תיאור
שימוש: dcmstack [-h] [--force-read] [--file-ext FILE_EXT] [--allow-dummies]
[--dest-dir DEST_DIR] [-o OUTPUT_NAME] [--output-ext OUTPUT_EXT] [-d]
[--embed-meta] [-g GROUP_BY] [--voxel-order VOXEL_ORDER] [-t TIME_VAR]
[--vector-var VECTOR_VAR] [--זמן-סדר TIME_ORDER] [--וקטור-סדר VECTOR_ORDER]
[-l] [--disable-translator DISABLE_TRANSLATOR] [--חלץ-פרטי] [-i
INCLUDE_REGEX] [-e EXCLUDE_REGEX] [--default-regexes] [-v] [--strict] [--version]
[src_dirs [src_dirs ...]]
ערמו קבצי DICOM מכל ספריית מקור לאמצעי אחסון דו-ממדיים עד 2-ממדיים, לחילוץ אופציונלי
מטא נתונים.
מקומי טיעונים:
src_dirs
ספריות המקור המכילות קובצי DICOM.
אופציונלי טיעונים:
-h, - עזרה
הצג הודעת עזרה זו וצא
קֶלֶט אפשרויות:
--קריאה בכוח
נסה לקרוא את כל הקבצים כ-DICOM, גם אם חסרה להם ההקדמה.
--file-ext FILE_EXT
נסה לקרוא רק קבצים עם הסיומת הנתונה. ברירת מחדל: .dcm
--אפשר-דומים
אפשר קובצי DICOM שחסרים להם נתוני פיקסלים, וממלאים את החלק הזה מהפלט
nifti עם הערך המרבי שניתן לייצוג.
תְפוּקָה אפשרויות:
--dest-dir DEST_DIR
ספריית יעד, ברירת המחדל היא ספריית המקור.
-o OUTPUT_NAME, --שם פלט OUTPUT_NAME
מחרוזת פורמט Python הקובעת את שמות קבצי הפלט בהתבסס על תגיות DICOM.
--output-ext OUTPUT_EXT
הסיומת לסוג קובץ הפלט. ברירת מחדל: .nii.gz
-d, --dump-meta
זרוק את המטא נתונים שחולצו לקובץ JSON עם שם בסיס זהה לזה של
יצרה Nifti
-- embed-meta
הטמע את המטא נתונים שחולצו לתוך תוסף כותרת Nifti (בפורמט JSON).
הערמה אפשרויות:
-g GROUP_BY, --קבוצה לפי GROUP_BY
רשימה מופרדת בפסיק של מפתחות מטא נתונים לקבצים איתם קבצי קלט בערימות.
---voxel-order VOXEL_ORDER
הזמינו את הווקסלים כך שהמדדים המרחביים יתחילו מכיוונים אלו במטופל
מֶרחָב. יש לתת את ההנחיות במרחב המטופל כקוד בן שלושה תווים:
(ל) שמאל, (ימין) ימין, (א) פנימי, (פ) אחורית, (ס) עליון, (אי) תחתון. עובר ריק
מחרוזת תשבית כיוון מחדש. ברירת מחדל: LAS
-t TIME_VAR, --time-var TIME_VAR
מילת המפתח של רכיב DICOM לשימוש להזמנת המחסנית לאורך ממד הזמן.
--vector-var VECTOR_VAR
מילת המפתח של רכיב DICOM לשימוש עבור סדר המחסנית לאורך הממד הווקטור.
--סדר זמן TIME_ORDER
ספק קובץ טקסט עם הסדר הרצוי עבור הערכים (אחד בכל שורה) של
תכונה המשמשת כמשתנה הזמן. אפשרות זו נחוצה לעתים רחוקות.
--סדר וקטור VECTOR_ORDER
ספק קובץ טקסט עם הסדר הרצוי עבור הערכים (אחד בכל שורה) של
תכונה המשמשת כמשתנה הווקטור. אפשרות זו נחוצה לעתים רחוקות.
meta הפקה ו סינון אפשרויות:
-l, --מתרגמי רשימות
רשום מתרגמים מופעלים וצא
--disable-translator DISABLE_TRANSLATOR
השבת את המתרגמים עבור התגים שסופקו. יש לתת תגים בפורמט
"0x0_0x0". ניתן לתת יותר מאחד ברשימה מופרדת בפסיקים. אם המילה "הכל"
מסופק, כל המתרגמים יושבתו.
--חלץ-פרטי
חלץ מטא נתונים מאלמנטים פרטיים, גם אם אין מתרגם. אם ה
הערך עבור האלמנט מכיל בתים שאינם ascii, עדיין תתעלם ממנו. ה
מטא נתונים שחולצו עדיין עשויים להיות מסוננים על ידי הביטויים הרגולריים.
-i INCLUDE_REGEX, --include-regex INCLUDE_REGEX
כלול כל מטא נתונים שבהם המפתח תואם לביטוי הרגולרי שסופק. זֶה
יעקוף את כל ביטויי אי הכללה. חל על כל המטא נתונים.
-e EXCLUDE_REGEX, --exclude-regex EXCLUDE_REGEX
אל תכלול כל מטא נתונים שבהם המפתח תואם לביטוי הרגולרי שסופק. זֶה
ישלים את ברירת המחדל של ביטויי אי הכללה. חל על כל המטא נתונים.
--default-regexes
הדפס את רשימת ברירת המחדל לכלול ואי הכללה של ביטויים רגולריים וצא.
כללי אפשרויות:
-v, --מִלוּלִי
הדפס מידע נוסף.
--קַפְּדָנִי
נכשל בחריג הראשון במקום להציג אזהרה.
--גִרְסָה
הצג את הגרסה וצא.
באחריותך לדעת אם יש מידע בריאותי פרטי במטא נתונים
חולץ על ידי תוכנית זו.
השתמש ב-dcmstack באינטרנט באמצעות שירותי onworks.net
