זהו קובץ הפקודה שניתן להפעיל בספק האירוח החינמי של OnWorks באמצעות אחת מתחנות העבודה המקוונות המרובות שלנו, כגון Ubuntu Online, Fedora Online, אמולטור מקוון של Windows או אמולטור מקוון של MAC OS
תָכְנִית:
שֵׁם
demux - המרת מעצורי מרחק XPLOR לפורמט Gromacs
תַקצִיר
דמוקס md0.log נוסף
תיאור
אם תרצה להפוך את המסלולים שלך לרציפים שוב אתה יכול להשתמש דמוקס לקרוא
קובץ md0.log שלך (תוכל לשרשר כמה במידת הצורך) ולהפיק כמה פלט
קבצים. אחד מהם הוא קובץ .xvg (replica_ndx.xvg) שניתן להעביר אליו trjcat(1) לאורך
עם קבצי המסלול המקוריים, על מנת לייצר מסלולים רציפים. האחר
קובץ (replica_temp.xvg) מכיל את הטמפרטורות עבור כל העתק, החל מ-
טמפרטורה מקורית. אז אם העתק של העניין שלך מתחיל ב-300 K, למשל, אתה יכול לעקוב
מסלולו דרך חלל הטמפרטורה. יהיה מעניין להוסיף כמה
פונקציונליות ליצירת היסטוגרמות של התפלגות טמפרטורה עבור כל העתק, אשר
לפי רוב המחברים, צריך להיות שטוח. ניתן להשתמש במסלולי ה-deluxe עם
g_kinetics(1) להשיג קינטיקה של קיפול חלבון ממסלולי REMD.
אפשרויות
md0.log קובץ היומן של ריצת המסלול שברצונך לבצע רציפה. קבצים מרובים יכולים להיות
מצורפים יחד.
נוסף מספר הפעמים שכל ערך בקובץ היומן יועתק. (מספר שלם)
מגבלות
אם ההחלפה שלך הייתה כל N ps ושמרת כל M ps שאתה יכול לעשות עבור החסרים
מסגרות לפי הגדרה נוסף ל (N/M - 1). אם N/M אינו מספר שלם, אין לך מזל ואתה
לא תוכל לבצע דהlux המסלולים שלך בכלל.
השתמש ב-demux באינטרנט באמצעות שירותי onworks.net
