e-PCR - מקוון בענן

תָכְנִית:

שֵׁם

e-PCR - מצא אתרים מתויגים ברצף (STS) ברצפי DNA

תַקצִיר

e-PCR [-hV] [אפשרויות posix] stsfile [פאסטה ...] [אפשרויות התאמה]

תיאור

התוכנית מחליפה blast במיקום של זוגות פריימרים על הגנום שעלולים
להניב תוצר PCR.

אפשרויות

אפשרויות posix הן:

-m=## שוליים (ברירת מחדל 50)

-w=## גודל מילים (ברירת מחדל 7)

-n=## אי התאמה מקסימלית מותרת (ברירת מחדל 0)

-g=## אינדל מותר (ברירת מחדל 0)

-f=## השתמש במילים ## לא רציפות, לאט אם ##>1

-o=## הגדר קובץ פלט

-t=## הגדר פורמט פלט:

1 - קלאסי, טווח (pos1..pos2)

2 - קלאסי, נקודת אמצע

3 - טבלה

4 - טבלה עם יישור בהערות (איטי)

-ד=##-## הגדר טווח גודל ברירת מחדל (ברירת מחדל 100-350)

-p=+- הפעל/כיבוי של פוסט-ההיטים

-v=## דגלי מילוליות

-א=א|פ השתמש ביישורי גודל מראש (רק אם פערים>0), איטיים

a - תמיד או f - בתור Fallback

-x=+- השתמש במיסוך באותיות קטנות בקצה 5' של פריימרים (ברירת מחדל -)

-u=+- כל הפריימרים באותיות רישיות (ברירת מחדל -)

compat-options (כפול posix-options) הם

M=## שוליים (ברירת מחדל 50)

W=## גודל מילים (ברירת מחדל 7)

N=## מספר אי-התאמות המותרות (ברירת מחדל 0)

G=## אינדל מותר (ברירת מחדל 0)

F=## השתמש ## במילים לא רציפות

O=## הגדר את קובץ הפלט ל-##

T=## הגדר פורמט פלט (1..3)

D=##-## הגדר טווח גודל ברירת מחדל

P=+- לאחר תהליכי ההפעלה/כיבוי

V=## דגלי מילוליות

A=א|פ השתמש ביישורי גודל מראש (רק אם פערים>0), איטיים

a - תמיד או f - בתור Fallback

X=+- השתמש במיסוך באותיות קטנות בקצה 5' של פריימרים (ברירת מחדל -)

U=+- כל הפריימרים באותיות רישיות (ברירת מחדל -)

-בֵּינוֹנִי זהה ל-T=2

למידע על אפשרויות נוספות פשוט התקשר e-PCR ללא כל אפשרויות.

השתמש ב-e-PCR מקוון באמצעות שירותי onworks.net