זוהי הפקודה ecogrep שניתן להפעיל בספק האירוח החינמי של OnWorks באמצעות אחת מתחנות העבודה המקוונות המרובות שלנו, כגון Ubuntu Online, Fedora Online, אמולטור מקוון של Windows או אמולטור מקוון של MAC OS
תָכְנִית:
שֵׁם
ecogrep - סינון תוצאת ecoPCR המבוססת על מסנן מזהה טקסונומי וביטוי רגולרי
דפוס
תַקצִיר
ecogrep [אפשרויות] שם הקובץ
תיאור
ecoPCR היא תוכנת PCR אלקטרונית שפותחה על ידי LECA ו- Helix-Project. זה עוזר ל
להעריך את איכות הפריימרים של ברקוד.
תוכנית זו שייכת לחבילת exoPCR.
אפשרויות
-1 : [ראשון] : השווה את התבנית הנתונה עם אוליגונוקלאוטיד גדיל ישיר
-2 : [שני] : השווה את התבנית הנתונה עם אוליגונוקלאוטיד גדיל הפוך
-d : [D]atabase המכיל מידע טקסונומי
-e : [E]rrors : שגיאה מקסימלית מותרת בהתאמת דפוס (אופציה-1, -2 ו -p) (0 מאת
בְּרִירַת מֶחדָל)
-p : [P]attern : תבנית אוליגונוקלאוטידים
-h : [H]עזרה : הדפס עֶזרָה
-i : [אני] מתעלם מתת-עץ תחת מזהה טקסונומי נתון
-r : [ר]הגביל את החיפוש לתת-עץ תחת מזהה טקסומי נתון
-v : הכנס את מובן ההתאמה, כדי לבחור שורות שאינן תואמות.
טענה:
שם קובץ הפלט ecoPCR
השתמש ב-ecogrep באינטרנט באמצעות שירותי onworks.net
