זוהי הפקודה epestfinde שניתן להפעיל בספק האירוח החינמי של OnWorks באמצעות אחת מתחנות העבודה המקוונות המרובות שלנו, כגון Ubuntu Online, Fedora Online, אמולטור מקוון של Windows או אמולטור מקוון של MAC OS
תָכְנִית:
שֵׁם
epestfind - מוצא מוטיבים של PEST כאתרי מחשוף פרוטאוליטי פוטנציאליים
תַקצִיר
epestfind -סדר פעולות רצף [-mwdata קובץ מידע] חלון מספר שלם -להזמין מבחר
[-מפתן לצוף] -מונו בוליאני -פוטנציאל בוליאני -עני בוליאני
-לא חוקי בוליאני -מַפָּה בוליאני -תיק אוסף -גרָף xygraph
epestfind עזרה
תיאור
epestfind היא תוכנית שורת פקודה מבית EMBOSS ("האירופה מולקולרית ביולוגיה פתוחה
חבילת תוכנה"). זה חלק מקבוצת הפקודות "חלבון:מוטיבים".
אפשרויות
קֶלֶט סעיף
-סדר פעולות רצף
רצף חלבון ארה"ב לניתוח.
-mwdata קובץ מידע
ערך ברירת מחדל: Emolwt.dat
דרוש סעיף
חלון מספר שלם
מרחק מינימלי בין חומצות אמינו טעונות חיובית. ערך ברירת מחדל: 10
-להזמין מבחר
שם קובץ הפלט שמכיל את תוצאות הניתוח. ניתן למיין את התוצאות
לפי אורך, מיקום וציון. ערך ברירת מחדל: ניקוד
נוסף סעיף
-מפתן לצוף
ערך סף להבחין בין חלשים לבין מוטיבים פוטנציאליים של PEST. מוטיבים תקפים של PEST הם
מופלים למוטיבים 'עלובים' ו'פוטנציאליים' בהתאם לציון הסף הזה. על ידי
ברירת המחדל, ערך ברירת המחדל מוגדר ל-+5.0 על סמך נתונים ניסיוניים. שינויים הם
לא מומלץ מכיוון שמשמעות היא עניין של ביולוגיה, לא מתמטיקה. בְּרִירַת מֶחדָל
ערך: +5.0
מתקדם סעיף
-מונו בוליאני
ערך ברירת מחדל: N
-פוטנציאל בוליאני
החליטו אם יש להדפיס מוטיבים פוטנציאליים של PEST. ערך ברירת מחדל: Y
-עני בוליאני
החליטו אם יש להדפיס מוטיבים של PEST גרועים. ערך ברירת מחדל: Y
-לא חוקי בוליאני
החליטו אם יש להדפיס מוטיבים של PEST לא חוקיים. ערך ברירת מחדל: N
-מַפָּה בוליאני
החלט אם יש למפות מוטיבים של PEST לרצף. ערך ברירת מחדל: Y
תְפוּקָה סעיף
-תיק אוסף
שם הקובץ שאליו ייכתבו התוצאות.
-גרָף xygraph
השתמש ב-epestfinde באינטרנט באמצעות שירותי onworks.net
